BioJava:CookBookItaliano:Sequence:Transcribe

Come posso trascrivere una Sequenze di DNA in una Sequenza di RNA?

In BioJava le Sequences/SymbolList di DNA e RNA sono generate utilizzando alfabeti diversi. E’ possibile passare da un alfabeto DNA a uno RNA utilizzando il metodo transcribe() in RNATools.

```java import org.biojava.bio.symbol.*; import org.biojava.bio.seq.*;

public class TranscribeDNAtoRNA {

  public static void main(String[] args) {

     try {
      //crea a DNA SymbolList
      SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgccgaatcgtaa");

      //la converto in RNA (questo metodo è deprecato dopo BioJava 1.4)
      symL = RNATools.transcribe(symL);

      //(dopo BioJava 1.4 si utilizza questo metodo)
      symL = DNATools.toRNA(symL);
      
      //verifichiamo il funzionamento
      System.out.println(symL.seqString());
     }
     catch (IllegalSymbolException ex) {
           //questa eccezione viene sollevata se viene utilizzato
           //un simbolo che non è previsto dallo IUB per la creazione del DNA
             ex.printStackTrace();
     }catch (IllegalAlphabetException ex) {
      //questa eccezione viene sollevata se si cerca e/o trascrive un non DNA SymbolList
        ex.printStackTrace();
     }
  }

} ```