BioJava:CookBookItaliano:Translation:Single

Come posso tradurre un singolo codone in un singolo aminoacido?

L’esempio di traduzione precedente mostra come utilizzare RNATools per tradurre una SymbolList RNA in una SymbolList di Proteine. Possiamo capire meglio il funzionamento del metodo translate() se proviamo a tradurre un singolo codone in un singolo aminoacido.

Vediamo come:

```java import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class SingleTranslationDemo {

 public static void main(String[] args) {

   //creo un alfabeto composto da codoni che sarà di un elemento
   Alphabet a = AlphabetManager.alphabetForName("(RNA x RNA x RNA)");

   //prendo la "Tabella Standard del Codice Genetico"
   TranslationTable table = RNATools.getGeneticCode(TranslationTable.UNIVERSAL);

   try {
     //creo un codone
     SymbolList codon = RNATools.createRNA("UUG");

     //ottengo la rappresentazione di questo codone come Simbolo
     Symbol sym = a.getSymbol(codon.toList());

     //lo traduco in aminoacido
     Symbol aminoAcid = table.translate(sym);

     /*
      * Questo passo non è richiesto per la traduzione ma prova solamente che
      * il Simbolo proveniente dall'alfabeto corretto. Altrimenti viene sollevata una eccezione.
      */
     ProteinTools.getTAlphabet().validate(aminoAcid);

     //mi aspetto che sia Leucina
     System.out.println(aminoAcid.getName());
   }
   catch (IllegalSymbolException ex) {
     ex.printStackTrace();
   }
 }

} ```

NB: Questo è soltanto uno dei metodi per effettuare questa traduzione