Comment faire des calculs sur des Atomes présent dans un fichier PDB?

La classe Calc vous procure une série de méthodes permettant de faire divers calculs sur des Atomes.

```java public double getPhi(Group a, Group b)

   throws StructureException
   {
       
       if ( ! Calc.isConnected(a,b)){
           throw new StructureException("can not calc Phi - AminoAcids are not connected!") ;
       } 
       
       Atom a_C  = a.getAtom("C");
       Atom b_N  = b.getAtom("N");
       Atom b_CA = b.getAtom("CA");
       Atom b_C  = b.getAtom("C");
       
       double phi = Calc.torsionAngle(a_C,b_N,b_CA,b_C);
       return phi ;
   }

```

BioJava possède également une classe utilisant un algorithm de superposition de structure protéique. Pour en savoir plus, consultez cette recette.