org.biojava.bio.program.homologene

Interfaces

• HomologeneBuilder
• HomologeneDB
• Orthologue
• OrthologueFilter
• OrthologueSet
• OrthologueSet.Iterator
• OrthoPair
• OrthoPairCollection
• OrthoPairCollection.Iterator
• OrthoPairFilter
• OrthoPairSet
• OrthoPairSet.Iterator
• OrthoPairSetFilter
• SimilarityType
• Taxon

Classes

• AbstractOrthologueSet
• AbstractOrthoPairCollection
• AbstractOrthoPairSet
• HomologeneTools
• OrthologueFilter.AcceptAll
• OrthologueFilter.And
• OrthologueFilter.ByAccession
• OrthologueFilter.ByHomologeneID
• OrthologueFilter.ByLocusID
• OrthologueFilter.ByTaxon
• OrthologueFilter.ByTaxonID
• OrthologueFilter.ByTitle
• OrthologueFilter.Not
• OrthologueFilter.Or
• OrthologueFilter.Xor
• OrthoPairFilter.AcceptAll
• OrthoPairFilter.And
• OrthoPairFilter.ByMaxIdentity
• OrthoPairFilter.ByMinIdentity
• OrthoPairFilter.ByRef
• OrthoPairFilter.BySimilarityType
• OrthoPairFilter.Not
• OrthoPairFilter.Or
• OrthoPairFilter.Xor
• OrthoPairSetFilter.AcceptAll
• OrthoPairSetFilter.AllPairsInCollection
• OrthoPairSetFilter.And
• OrthoPairSetFilter.ByMinIdentity
• OrthoPairSetFilter.ByTaxon
• OrthoPairSetFilter.Not
• OrthoPairSetFilter.Or
• OrthoPairSetFilter.SomePairsInCollection
• OrthoPairSetFilter.Xor
• SimilarityType.PlaceHolder
• SimpleHomologeneBuilder
• SimpleHomologeneDB
• SimpleOrthologue
• SimpleOrthologueSet
• SimpleOrthoPair
• SimpleOrthoPairCollection
• SimpleOrthoPairSet
• Taxon.TaxonStub

Exceptions

• DuplicateTaxonException