Come posso stabilire l’identità fra Simboli e Alfabeti?

In Biojava medesimi Alfabeti e medesimi Simboli sono gli stessi oggetti anche se sono stati creati in maniera diversa. Questo significa che se due alfabeti DNA (o due Simboli di questi due alfabeti) sono istanziati in tempi differenti essi sono lo stesso oggetto ed è possibile verificarlo utilizzando sia l’operatore == che il metodo .equal(). Anche i simboli del PROTEIN-ALPHABET e del PROTEIN-TERM-ALPHABET sono gli stessi, così come lo sono quelli che appartengono al IntegerAlphabet e al SubIntegerAlphabet.

Questo è vero anche per Alfabeti e Simboli su differenti virtual machine (un ringraziamento speciale va a Serialization) cioè BioJava funziona anche sfruttando l’RMI.

```java package biojava_in_anger;

import org.biojava.bio.symbol.*; import org.biojava.bio.seq.*;

public class Canonical {

 public static void main(String[] args) {

   //get the DNA alphabet two ways
   Alphabet a1 = DNATools.getDNA();
   Alphabet a2 = AlphabetManager.alphabetForName("DNA");

   //sono identici
   System.out.println("equal: "+ a1.equals(a2));
   //sono canonici
   System.out.println("canonical: "+ (a1 == a2));
 }

} ```