Introduzione

BioJava può essere eseguito su qualsiasi computer che abbia una Java Virtual Machine conforme alle specifiche J2SE 1.4 (o superiore). Java è disponibile per Linux, Windows, Solaris ed è possibile ottenerlo da Sun’s java website. Versioni recenti di MacOS X includono Java come standard. Java è anche disponibile per altre piattaforme: in caso di dubbi contattare il proprio rivenditore. I file binare di BioJava sono distribuiti in formato .jar (Java ARchive).

L’ultima versione di BioJava 1.7 (richiede Java 1.5+) è scaricabile da qui area download.

Versioni legacy di BioJava 1.5 sono scaricabili da qui BioJava 1.5 (richiede Java 1.4+) ; o

Versioni legacy di BioJava 1.4 sono scaricabili da qui BioJava 1.4;

E’ possibile integrare BioJava anche con NetBeans IDE. Per sapere come seguire questo link.

Installazione

Nessuno di questi archivi jar ha bisogno di essere estratto per essere utilizzato, bisogna semplicemente copiarli in una directory a piacere e aggiungerli al proprio CLASSPATH. La sintassi corretta per aggiungere nuove elementi al proprio CLASSPATH cambia a seconda dell piattaforma utilizzata.

Attualmente basta eseguire uno di questi comandi (tutto su un riga):

UNIX Bourne-type shells (Linux e MacOS 10.3)

<nowiki>
 export CLASSPATH=$CLASSPATH:/home/thomas/biojava-live.jar:/home/thomas/bytecode.jar:
                             /home/thomas/commons-cli.jar:
                             /home/thomas/commons-collections-2.1.jar:
                             /home/thomas/commons-dbcp-1.1.jar:
                             /home/thomas/commons-pool-1.1.jar:.
</nowiki>

In alcune distribuzioni di BioJava, bisogna sostituire biojava.jar invece di biojava-live.jar. Stiamo lavorando per risolvere questo problema.

UNIX C-type shell (Mac OS X pre-10.3)

<nowiki>
setenv CLASSPATH ${CLASSPATH}:/home/thomas/biojava-live.jar:/home/thomas/bytecode.jar:
                              /home/thomas/commons-cli.jar:
                              /home/thomas/commons-collections-2.1.jar:
                              /home/thomas/commons-dbcp-1.1.jar:
                              /home/thomas/commons-pool-1.1.jar:.
</nowiki>

In alcune distribuzioni di BioJava, bisogna sostituire biojava.jar invece di biojava-live.jar. Stiamo lavorando per risolvere questo problema.

Windows from command line

<nowiki>
set CLASSPATH=%CLASSPATH%;C:\biojava-live.jar;C:\bytecode.jar;C:\commons-cli.jar;
                          C:\commons-collections-2.1.jar;C:\commons-dbcp-1.1.jar;
                          C:\commons-dbcp-1.1.jar;.
</nowiki>

In alcune distribuzioni di BioJava, bisogna sostituire biojava.jar invece di biojava-live.jar. Stiamo lavorando per risolvere questo problema.

Windows autoexec.bat files

<nowiki>
set CLASSPATH=%CLASSPATH%;C:\biojava-live.jar;C:\bytecode.jar;C:\commons-cli.jar;
                          C:\commons-collections-2.1.jar;C:\commons-dbcp-1.1.jar;
                          C:\commons-pool-1.1.jar;.
</nowiki>

In alcune distribuzioni di BioJava, bisogna sostituire biojava.jar invece di biojava-live.jar. Stiamo lavorando per risolvere questo problema.

E’ anche possibile installare i file JAR nel proprio sistema copiandoli all’interno di una installazione esistente di Java. Sulla maggior parte dei sistemi Linux che sui sistemi Windows-like basta copiare i jar elencati sopra all’interno di ${JAVA_HOME}/jre/lib/ext. Su Mac OS X c’è una directory per ogni utente chiamata ~/Library/Java/Extensions (nel caso non esista basta crearsela da soli). Per altre piattaforme consultare questo link.

A questo punto sarà possibile compilare ed eseguire i programmi BioJava utilizzando i comandi javac e java. E’ opportuno dare uno sguardo al tutorial, alla documentazione relativa alle API e alla sezione BioJava in anger. Infine si può imparare molto riguardo BioJava semplicemente utilizzando i programmi demo inclusi nei sorgenti (segue).

Come compilare BioJava a partire da zero

Se si ha la necessità di modificare BioJava, si può ottenere una copia del codice sorgente dalla Source directory dell’area download. I sorgenti sono distribuiti nel formato .tar.gz. L’ultima versione del codice (aggiornata al minuto) si può reperire tramite svn qui: Get source.

BioJava è compilato utilizzando ant build tool, l’equivalente Java della famosa utilità Make. Scaricare e utilizzare l’ultima versione di ant (attualmente la 1.7.1). E’ disponibile a questo link.

Per compilare la libreria bisogna eseguire il comando ant all’interno della directory biojava-live. L’archivio jar costruito sarà poi posto nella directory ant-build. Utilizzando il comando ant javadocs-biojava è possibile generare la documentazione relativa alle API.

Come compilare i programmi demo

Il codice sorgente delle varie distribuzioni di biojava contiene un certo numero di programmi demo. Nel momento in cui si ha un copia funzionante della libreria biojava.jar nel proprio classpath, i programmi demo possono essere compilati direttamente utilizzando javac dalla directory demos.

<nowiki>
  (unix)
  cd demos
  javac seq/TestEmbl.java
  java seq.TestEmbl seq/AL121903.embl
  
  (windows)
  cd demos
  javac seq\TestEmbl.java
  java seq.TestEmbl seq\AL121903.embl
</nowiki>