Come posso leggere una sequenza GenBank/EMBL/Swissprot e convertirla nel formato FASTA?

Per effettuare questa conversione estendiamo l’esempio precedente (clicca qui) aggiungendo la funzionalità di scrivere la sequenza in formato FASTA. Di seguito è mostrato un esempio:

```java import java.io.BufferedReader; import java.io.File; import java.io.FileOutputStream; import java.io.FileReader;

import org.biojavax.Namespace; import org.biojavax.RichObjectFactory; import org.biojavax.bio.seq.RichSequence; import org.biojavax.bio.seq.RichSequenceIterator;

public class ReadWriteGES_BJ1_6{

   public static void main(String[] args) {
       BufferedReader br = null;
       Namespace ns = null;
               //questo è il path utilizzato anche per il file in formato fasta
       String filePath= "/whereYourFileIs/sequences";
       String insdExt=".gbc";
       String fastaExt=".FASTA";
       

       try{
           br = new BufferedReader(new FileReader(filePath+insdExt));
           ns = RichObjectFactory.getDefaultNamespace();

                       // Si può utilizzare uno qualsiasi dei metodi presenti nelle BioJava 1.6 API        
                       RichSequenceIterator rsi = RichSequence.IOTools.readINSDseqDNA(br, ns);

                       //Se un file contiene più sequenze è possibile utilizzare un iteratore per leggerle tutte
                       while (rsi.hasNext()) {
                           RichSequence seq = rsi.nextRichSequence();
                           RichSequence.IOTools.writeFasta(new 
                                        FileOutputStream(new File(filePath+fastaExt)), seq, ns);
                           System.out.println(
                                   seq.toString() +
                                   " has " + seq.countFeatures() + 
                                   " features");
                       }

       }
       catch(Exception be){
           be.printStackTrace();
           System.exit(-1);
       }
   }

} ```