Come posso creare un oggetto Stringa a partire da una Sequenza e viceversa creare un oggetto Sequenza a partire da una Stringa?

Molte volte ci imbattiamo in sequenze rappresentate da una Stringa di caratteri come ad esempio “atgccgtggcatcgaggcatatagc”. E’ un metodo conveniente per visualizzare e rappresentare in maniera sintetica un più complesso polimero biologico. Biojava utilizza SymbolLists e Sequences per rappresentare i polimeri biologici come Oggetti. Le Sequences estendono le SymbolLists fornendo ulteriori metodi per memorizzare il nome della sequenza e ogni tipo di caratteristica che potrebbe avere, comunque basta pensare una Sequence come fosse una SymbolList.

Sia che si usi una Sequence che una SymbolList il polimero non verrà mai memorizzato come una Stringa. Biojava differenza i residui di diversi polimeri utilizzando oggetti di tipo Simobolo come provenienti da Alfabeti diversi. In questa maniera è semplice dire se stiamo usando una sequenza di DNA, di RNA o di qualcos’altro, inoltre è anche possibile distinguere se un residuo ‘A’ appartiene a un DNA o ad un RNA. I dettagli a riguardo di Symbols, SymbolLists e Alphabets sono trattati qui. Questa è una parte cruciale perchè è la necessita di fornire al programmatore un strada per effettuare una conversione fra un oggetto Biojava a una Stringa semplice da leggere e da utilizzare, e viceversa. Per fare questo Biojava usa dei Tokenizers che leggono una stringa di testo e la interpretano per poi ottenere un oggetto BioJava Sequence o SymbolList. Nel caso di DNA, RNA, e Protein è possibile fare questo facendo una singola chiamata a un metodo. La chiamata è fatta su un metodo statico dalle classi DNATools, RNATools or ProteinTools.

Da String a SymbolList

```java import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class StringToSymbolList {

 public static void main(String[] args) {
  
   try {
     //creo una DNA SymbolList a partire da una String
     SymbolList dna = DNATools.createDNA("atcggtcggctta");

     //creo una RNA SymbolList a partire da una String
     SymbolList rna = RNATools.createRNA("auugccuacauaggc");

     //creo una Protein SymbolList a partire da una String
     SymbolList aa = ProteinTools.createProtein("AGFAVENDSA");
   }
   catch (IllegalSymbolException ex) {
      //questa eccezione viene sollevata se viene utilizzato all'interno di una stringa
      //un simbolo che non è previsto dallo IUB
     ex.printStackTrace();
   }
  
 }

} ```

Da String a Sequence

```java import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class StringToSequence {

 public static void main(String[] args) {

   try {
     //creo una DNA sequence con nome dna_1
     Sequence dna = DNATools.createDNASequence("atgctg", "dna_1");

     //creo una RNA sequence con nome  rna_1
     Sequence rna = RNATools.createRNASequence("augcug", "rna_1");

     //creo una Protein sequence con nome  prot_1
     Sequence prot = ProteinTools.createProteinSequence("AFHS", "prot_1");
   }
   catch (IllegalSymbolException ex) {
     //viene sollevata una eccezione se non vengono utilizzati i Simboli previsti dallo IUB
     ex.printStackTrace();
   }
 }

} ```

Da SymbolList a String

E’ possibile chiamare il metodo seqString() sia sulla classe SymbolList o su Sequence per ottenere una versione in forma di stringa.

```java import org.biojava.bio.symbol.*;

public class SymbolListToString {

 public static void main(String[] args) {
   SymbolList sl = null;
   //qui va il codice per istanziare una SymbolList
  
   //converto la SymbolList in una String
   String s = sl.seqString();
 }

} ```