BioJava:CookBookItaliano:Sequence:Reverse
Come posso fare il complemento inverso di una sequenza o di una SymbolList?
Per ottenere il complemento inverso di una DNA SymbolList o si una DNA Sequence basta utilizzare il metodo statico DNATools.reverseComplement(SymbolList sl). Un metodo equivalente è presente all’interno della classe RNATools per effettuare la stessa operazione sulle Sequences e le SymbolList basate sull’RNA.
```java import org.biojava.bio.symbol.*; import org.biojava.bio.seq.*;
public class ReverseComplement {
public static void main(String[] args) {
try {
//make a DNA SymbolList
SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgcacgggaactaa");
//reverse complement it
symL = DNATools.reverseComplement(symL);
//prove that it worked
System.out.println(symL.seqString());
}
catch (IllegalSymbolException ex) {
//viene sollevata una eccezione se non vengono utilizzati i Simboli previsti dallo IUB
ex.printStackTrace();
}catch (IllegalAlphabetException ex) {
//questa eccezione viene sollevata se si cerca di effettuare il complemento inverso di
//una non DNA (non RNA) Sequence utilizzando DNATools (RNATools)
ex.printStackTrace();
}
}
} ```