BioJava:CookBookItaliano:Sequence:Reverse

Come posso fare il complemento inverso di una sequenza o di una SymbolList?

Per ottenere il complemento inverso di una DNA SymbolList o si una DNA Sequence basta utilizzare il metodo statico DNATools.reverseComplement(SymbolList sl). Un metodo equivalente è presente all’interno della classe RNATools per effettuare la stessa operazione sulle Sequences e le SymbolList basate sull’RNA.

```java import org.biojava.bio.symbol.*; import org.biojava.bio.seq.*;

public class ReverseComplement {

 public static void main(String[] args) {
  
   try {
     //make a DNA SymbolList
     SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgcacgggaactaa");

     //reverse complement it
     symL = DNATools.reverseComplement(symL);
    
     //prove that it worked
     System.out.println(symL.seqString());
   }
   catch (IllegalSymbolException ex) {
     //viene sollevata una eccezione se non vengono utilizzati i Simboli previsti dallo IUB
     ex.printStackTrace();
   }catch (IllegalAlphabetException ex) {
     //questa eccezione viene sollevata se si cerca di effettuare il complemento inverso di
     //una non DNA (non RNA) Sequence utilizzando DNATools (RNATools)
     ex.printStackTrace();
   }
 }

} ```