Comment décomposer les Symbols d’un CrossProductAlphabet pour obtenir les Symbols qui les constituent?

Les CrossProductAlphabets sont utilisés pour représenter des groupes de Symbols comme un Symbol unique. C’est une façon très pratique de traiter, par exemple, les codons comme des Symbols individuels. Cependant, il est parfois nécessaire de reconvertir ces Symbols pour obtenir à nouveau les Symbols qui les constituent. La recette qui suit montre comment cela peut être fait.

Les Symbols d’un CrossProductAlphabet sont des implémentations de l’interface AtomicSymbol. Le préfixe ‘Atomic’ suggère qu’un Symbol ne peut être diviser alors comment faire pour subdiviser des Symbols indivisibles en leur éléments constituants? La définition complète d’un AtomicSymbol est qu’il ne peut être diviser en un Symbol plus simple qui fait parti du même Alphabet. Les composantes qui ont construit un AtomicSymbol d’un CrossProductAlphabet ne font pas partie de cet Alphabet, par conséquent la définition d’ “Atomic” reste. Un codon provient d’un Alphabet (ADN x ADN x ADN) alors que les composantes d’un Symbol codon font parties de l’Alphabet ADN.

Cette situation contraste avec la définition d’un BasisSymbol. Un BasisSymbol peut très bien être diviser en composantes qui font partie du même Alphabet. de cette façon, un BasisSymbol peut être ambigüe. Pour une discussion sur les BasisSymbols, cliquer ici.

```java package biojava_in_anger;

import java.util.*; import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class BreakingComponents {

   public static void main(String[] args) {
       
       // créer l'Alphabet "codon"
       List l = Collections.nCopies(3, DNATools.getDNA());
       Alphabet alpha = AlphabetManager.getCrossProductAlphabet(l);
       
             // obtenir le premier Symbol de cet Alphabet
       Iterator iter = ((FiniteAlphabet)alpha).iterator();
       AtomicSymbol codon = (AtomicSymbol)iter.next();
       System.out.print(codon.getName()+" is made of: ");
       
       // décomposer pour obtenir une liste des composantes
       List symbols = codon.getSymbols();
       for(int i = 0; i < symbols.size(); i++){
           if(i != 0)
               System.out.print(", ");
           Symbol sym = (Symbol)symbols.get(i);
           System.out.print(sym.getName());
       }
   }

} ```