BioJava:CookbookFrench:Alphabets:CustomAlphabets

Comment créer un Alphabet sur mesure à partir de Symbols crées aussi sur mesure?

Cet exemple présente la création d’un Alphabet appellé ‘Binary’ qui contiendra deux Symbols: zéro et un. L‘Alphabet et les Symbols sur mesure peuvent alors être utilisé pour créer des SymbolLists, des Sequences, des Distributions, etc.

```java import org.biojava.bio.symbol.*; import org.biojava.bio.*; import java.util.*;

public class Binary {

 public static void main(String[] args) {

   // créer le Symbol "zero" sans annotation
   Symbol zero =
       AlphabetManager.createSymbol("zero", Annotation.EMPTY_ANNOTATION);

   // créer le Symbol "un", similaire
   Symbol one =
       AlphabetManager.createSymbol("one", Annotation.EMPTY_ANNOTATION);

   // regrouper les Symbols dans un Set
   Set symbols = new HashSet();
   symbols.add(zero); symbols.add(one);

   // créer l'Alphabet binaire: Binary
   FiniteAlphabet binary = new SimpleAlphabet(symbols, "Binary");

   // faire une itération sur les Symbols pour montrer que tout fonctionne
   for (Iterator i = binary.iterator(); i.hasNext(); ) {
     Symbol sym = (Symbol)i.next();
     System.out.println(sym.getName());
   }

   // il est pratique usuel d'enregistrer les Alphabets nouvellement
   // crées avec l'AlphabetManager
   AlphabetManager.registerAlphabet(binary.getName(), binary);

    /*
     * L'Alphabet nouvellement crée a été enregistré avec l'AlphabetManager
     * sous le nom de "Binary". Si vous cherchez une copie de l'objet avec cet alphabet, il 
     * devrait etre identique à celui qui l'a créer
     */
   Alphabet alpha = AlphabetManager.alphabetForName("Binary");

   // vérifier que les deux objets sont identiques
   System.out.println(alpha == binary);
 }

} ```