Comment ajouter, voir et éliminer des objets de type Sequence d’une base de données BioSQL?

BioJava contient des classes utilitaires qui donne l’aspect d’une instance SequenceDB à n’importe quel base de donnés respectant la schéma BioSQL. La classe qui vous utiliserait probablement le plus est BioSQLSequenceDB. BioSQLSequenceDB est une instance dérivée de SequenceDB et s’utilise exactement de la même manière. L’heureuse conséquence de cet état de fait est que ceci rends inutile l’utilisation de commandes SQL ou la connaissance du schéma BioSQL. Toute opération faite sur l’objet BioSQLSequenceDB se répercute de fait dans la base de données BioSQL qui se trouve derrière cette classe.

L’exemple suivant montre la technique à utiliser afin de se brancher à une base de données BioSQL, comment y ajouter une séquence, comme faire une recherche sur la base de données et comment éliminer cette séquence de la base de données.

```java import org.biojava.bio.BioException; import org.biojava.bio.seq.DNATools; import org.biojava.bio.seq.Sequence; import org.biojava.bio.seq.db.biosql.BioSQLSequenceDB; import org.biojava.utils.ChangeVetoException; import org.biojava.bio.seq.io.SeqIOTools; import java.io.*;

/**

* Test d'une simple connection a une BioSQLSequenceDB 
* aveec ecriture/lecture/rature d'une Sequence 
*/ 

public class Connect {

 public static void main(String[] args) {
   
   //le format de l'url dependra du pilote JDBC utilise
   String dbURL = "jdbc:oracle:thin:@mydbserver:1521:biosql"; 
   String dbUser = "username"; 
   String dbPass = "secret_password";
   
   //branchons nous a une biodatabase appellee test
   String biodatabase = "test";
   //ou bien nous en creons une
   boolean createIfMissing = true; 

   try {
     //charger le pilote JDBC
     Class.forName("oracle.jdbc.driver.OracleDriver"); 
   } 
   catch (ClassNotFoundException ex) { 
     System.out.println("Cannot find DB driver, is it on your classpath?"); 
   } 
   try {
     
     //creer une connection
     BioSQLSequenceDB db = new BioSQLSequenceDB(dbURL, 
                                                dbUser, 
                                                dbPass, 
                                                biodatabase, 
                                                createIfMissing); 
     
     Sequence seq = DNATools.createDNASequence("acgtggccttagacg","test_seq1"); 
     System.out.println("Creating sequence of type "+seq.getAlphabet().getName()); 
     try { 
       System.out.println("adding a sequence"); 
       db.addSequence(seq); 
       seq = null; 
     } 
     catch (ChangeVetoException ex) { 
       System.err.println("Cannot add Sequence, is the DB locked?"); 
       System.exit(1); 
     } 

     System.out.println("retrieving test_seq1"); 
     seq = db.getSequence("test_seq1"); 
     try { 
       SeqIOTools.writeFasta(System.out, seq); 
     } 
     catch (IOException ex) { 
       ex.printStackTrace(); 
     } 

     try { 
       //eliminer l'inscription a la bd
       //impossible a moins qu'aucune reference n'existe pour cette sequence 
       seq = null;
       System.out.println("deleting test_seq1");
       db.removeSequence("test_seq1"); 
     } 
     catch (ChangeVetoException ex) { 
       System.err.println("Cannot remove test_seq1, is the DB locked?"); 
     } 
   } 
   catch (BioException ex) { 
     ex.printStackTrace(); 
     System.exit(1); 
   } 
 } 

} ```