Comment extraire les informations d’un très gros fichier ou comment écrire son propre SearchContentHandler?

Si vous voulez parcourir un rapport BLAST (ou FASTA), vous pouvez utiliser la procédure standard, mais vous voulez peut-être savoir comment les objets utilisés pour cette recherche ont été crée. Vous voulez peut-être aussi construire votre propre SearchContentHandler. Ceci est peut devenir intéressant si vous faites l’extraction à partir d’énormes fichiers BLAST parce que tous ces objets finiront par utiliser d’énormes portions de mémoire vive. Une situation particulièrement frustrante si vous êtes interessé par une petite portion de l’information du fichier!

Le programme ci-dessous montre des fonctionnalités très utiles lorsqu’on veut créer des manipulations sur mesure; il montre aussi la manière de le créer. Essentiellement, le programme contient un handler sur mesure qui est à l’écoute de tous les évènements de lecture et les renvois sur STDOUT. Ceci vous permet d’observer quels evènements sont créés et lesquels contiennent les informations que vous recherchez. Vous pouvez alors créer un SearchContentHandler qui fera le travail en étendant SearchContentAdapter et en redéfinissant les méthodes qui prendront en charge les évènements qui vous intéressent.

```java import org.xml.sax.*;

import java.io.*;

import org.biojava.bio.program.sax.*; import org.biojava.bio.program.ssbind.*; import org.biojava.bio.search.*;

/**

*  Retransmets sur STDOUT les évènements
*  d'un parser SAX Blast-like  
*/ public class BlastEcho { 
 public BlastEcho() { 
 } 

 private void echo (InputSource source) throws IOException, SAXException{ 
   // créer un BlastLikeSAXParser 
   BlastLikeSAXParser parser = new BlastLikeSAXParser(); 
   
   // Appeller cette méthode pour que le parser ne se préoccupe
   // pas de vérifier la version de Blast utilisée par ce rapport
   // avant de le parcourir
   parser.setModeLazy(); 

   ContentHandler handler = new SeqSimilarityAdapter();
   
   // utiliser vos propres SearchContentHandler (voir ci-dessous)
   SearchContentHandler scHandler = new EchoSCHandler(); 
   ((SeqSimilarityAdapter)handler).setSearchContentHandler(scHandler); 

   parser.setContentHandler(handler); 
   parser.parse(source); 
 } 

 /**
  * Création d'un SearchContentHandler personnalisé. 
  * Intercepte tous les évènements et les transmets à STDOUT
  */
 private class EchoSCHandler extends SearchContentAdapter{ 
   public void startHit(){ 
     System.out.println("startHit()"); 
   } 
   public void endHit(){ 
     System.out.println("endHit()"); 
   } 
   public void startSubHit(){ 
     System.out.println("startSubHit()"); 
   } 
   public void endSubHit(){ 
     System.out.println("endSubHit()"); 
   } 
   public void startSearch(){ 
     System.out.println("startSearch"); 
   } 
   public void endSearch(){ 
     System.out.println("endSearch"); 
   } 
   public void addHitProperty(Object key, Object val){ 
     System.out.println("\tHitProp:\t"+key+": "+val); 
   } 
   public void addSearchProperty(Object key, Object val){ 
     System.out.println("\tSearchProp:\t"+key+": "+val); 
   } 
   public void addSubHitProperty(Object key, Object val){ 
     System.out.println("\tSubHitProp:\t"+key+": "+val); 
   } 
 } 

 public static void main(String[] args) throws Exception{ 
   InputSource is = new InputSource(new FileInputStream(args[0])); 
   BlastEcho blastEcho = new BlastEcho(); 
   blastEcho.echo(is); 
 } 

} ```