Comment extraire les informations voulues d’un résultat de recherche?

Les procedures d’extraction des résultats Blast et Fasta déjà présentées produisent, lorsque le fichier a été lu, une liste d’objets de type SeqSimilaritySearchResult. Un de ces objets est crée pour chaque requête. Chaque SeqSimilaritySearchResult contient une liste d’objets de type SeqSimilaritySearchHit qui détaille le résultat de la séquence ‘Query’ à sa séquence ‘Subject’ correspondante (homologie). Chaque objet SeqSimilaritySearchHit contient une liste d’objets SeqSimilaritySearchSubHit. Ces objets sont équivalents aux HSPs rapportés par BLAST.

Les classes associées aux résultats, les homologies et les HSPs contiennent des méthodes pratique de type getXYZ() pour récupérer l’information emmagasinée.

Le petit fragment de code ci-dessous montre une méthode privée qui prends une liste produite par la lecture d’un fichier BLAST ou FASTA et qui en extrait l’id de l’homologie (subject id), sa valeur et son score e.

```java private static void formatResults(List results){

   //itération à travers chacun des SeqSimilaritySearchResult
   for (Iterator i = results.iterator(); i.hasNext(); ) {
     SeqSimilaritySearchResult result = (SeqSimilaritySearchResult)i.next();

     //itération à travers les homologies
     for (Iterator i2 = result.getHits().iterator(); i2.hasNext(); ) {
       SeqSimilaritySearchHit hit = (SeqSimilaritySearchHit)i2.next();

       //imprimer ID pour chacune des séquences trouvées, sa valeur et son score e
       System.out.println("subject:\t"+hit.getSubjectID() +
                          " bits:\t"+hit.getScore()+
                          " e:\t"+hit.getEValue());
     }
   }

} ```