Comment faire pour obtenir une séquence directement du NCBI?

Il n’est évidemment pas toujours souhaitable de construire sa propre base de données de séquences et, pour la plupart des utilisateurs, l’accès aux sources publiques de données est suffisant. Une des sources les plus importantes de données de séquence est bien entendue le NCBI. Depuis le début, Biojava est capable d’aller chercher des séquences directement au NCBI en utilisant un ensemble de classes et de méthodes, qui ont maintenant été adaptés au modèle de séquence développé par l’extension Biojavax.

L’exemple qui suit est un point de départ pour vous permettre d’explorer les possibilités de collecte de données. Prenez garde de ne pas succomber à la tentation de vous construire un miroir de Genbank avec une telle technique. Le NCBI s’en rendrait vite compte et pourrait vous limiter votre accès…

```java import org.biojava.bio.BioException; import org.biojava.bio.symbol.SymbolList; import org.biojavax.bio.db.ncbi.GenbankRichSequenceDB; import org.biojavax.bio.seq.RichSequence;

public class NCBIFileReader {

  public static void main(String[] args) {
       
     RichSequence rs = null;
       
     GenbankRichSequenceDB grsdb = new GenbankRichSequenceDB();
     try{
   // Demonstration avec un code d'acces GenBank
   rs = grsdb.getRichSequence("M98343");
   System.out.println(rs.getName()+" | "+rs.getDescription());
   SymbolList sl = rs.getInternalSymbolList();
   System.out.println(sl.seqString());
           
   // Demonstration avec un numero unique d'acces GenBank
   rs = grsdb.getRichSequence("182086");           
   System.out.println(rs.getName()+" | "+rs.getDescription());
   sl = rs.getInternalSymbolList();
   System.out.println(sl.seqString());

     }
     catch(BioException be){
   be.printStackTrace();
   System.exit(-1);
     }
  }

} ```