Comment afficher les coordonnées d’une Sequence?

Lorsqu’il faut afficher une séquence, il est utile d’afficher les coordonnées d’une séquence pour pouvoir vous permettre de naviguer au travers de cette séquence. BioJava contient une implémentation de SequenceRenderer appelée RulerRenderer qui affiche les coordonnées d’une Sequence.

Parce qu’un SequenceRenderContext ne peut utiliser qu’un seul SequenceRenderer à la fois, vous devrez utilisé un MultiLineRenderer. Un MultiLineRenderer implémente SequenceRenderer et peut encapsuler plusieurs SequenceRenderers en coordonnant leur affichage en plusieurs pistes.

L’usage d’un RulerRenderer et d’un MultiLineRenderer est montré dans le programme ci-dessous. Un exemple d’affichage de l’interface graphique se trouve sous le programme.

```java import java.awt.*; import java.awt.event.*; import javax.swing.*;

import org.biojava.bio.gui.sequence.*; import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class MultiView extends JFrame {

 private JPanel jPanel = new JPanel();
 private MultiLineRenderer mlr = new MultiLineRenderer();
 private SequenceRenderer symR = new SymbolSequenceRenderer();
 private RulerRenderer ruler = new RulerRenderer();
 private SequencePanel seqPanel = new SequencePanel();
 private Sequence seq;

 public MultiView() {
   try {
     seq = ProteinTools.createProteinSequence(
         "agcgstyravlivtymaragrsecharlvahklchg",
         "protein 1");
     init();
   }
   catch(Exception e) {
     e.printStackTrace();
   }
 }
 public static void main(String[] args) {
   MultiView multiView = new MultiView();
   multiView.pack();
   multiView.show();
 }
 
 /**
  * Redefinir pour permettre de terminer le programme.
  */
 protected void processWindowEvent(WindowEvent we){
   if (we.getID() == WindowEvent.WINDOW_CLOSING) {
     System.exit(0);
   }
   else {
     super.processWindowEvent(we);
   }
 }
 
 /**
  * Installer les composantes de l'interface
  */
 private void init() throws Exception {
   this.setTitle("MultiView");
   this.getContentPane().add(jPanel, BorderLayout.CENTER);
   jPanel.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);
   //ajouter le SymbolSequenceRenderer et le RulerRenderer au MultiLineRenderer
   mlr.addRenderer(symR);
   mlr.addRenderer(ruler);
   //déclarer le MultiLineRenderer comme renderer principal
   seqPanel.setRenderer(mlr);
   //déclarer la  Sequence
   seqPanel.setSequence(seq);
   //déclarer les positions à afficher 
   seqPanel.setRange(new RangeLocation(1,seq.length()));
 }

} ```

frame|center|Affichage du système de coordonnées d’une séquence