Comment afficher une séquence dans une interface graphique?

Lorsque vous construisez des interfaces graphiques pour des applications de bioinformatique, vous voulez probablement afficher les séquences des résidues d’une Sequence que vous voulez montrer. BioJava contient certaines composantes GUI pour vous permettre d’afficher divers aspects d’une Sequence.

L’unité de base de toute interface graphique basée sur un objet Sequence est le SequenceRenderContext qui contient la Sequence et envoit des instructions à un SequenceRenderer, responsable pour la création du dessin de la Sequence. Il y a plusieurs implémentations de SequenceRenderer dans BioJava. Celui qui est responsable d’afficher les résidues dans l’ordre est le SymbolSequenceRenderer.

Le programme suivant montre l’utilisation d’un SequenceRenderContext et d’un SequenceRenderer pour afficher les symboles d’une Sequence.

```java import java.awt.*; import java.awt.event.*; import javax.swing.*;

import org.biojava.bio.gui.sequence.*; import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class SeqView extends JFrame {

 private Sequence seq;
 private JPanel jPanel = new JPanel();
 private SequencePanel seqPanel = new SequencePanel();
 private SequenceRenderer symSeqRenderer = new SymbolSequenceRenderer();
 public SeqView() {
   try {
     //créer la séquence à afficher
     seq = RNATools.createRNASequence("accggcgcgagauuugcagcgcgcgcgcaucgcg"+
                                      "gggcgcauuaccagacuucauucgacgacucagc"
                                      ,"rna1");
     init();
   }
   catch(Exception e) {
     e.printStackTrace();
   }
 }
 public static void main(String[] args) {
   SeqView seqView = new SeqView();
   seqView.pack();
   seqView.show();
 }

 /**
  * Installer les composantes pour afficher les graphiques
  */
 private void init() throws Exception {
   this.getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
   this.getContentPane().add(jPanel, BorderLayout.CENTER);
   this.setTitle("SeqView");
   jPanel.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);
   //déterminer la séquence à afficher
   seqPanel.setSequence(seq);
   //initialiser l'objet responsable pour peindre la sequence
   seqPanel.setRenderer(symSeqRenderer);
   //déterminer quelle portion de la séquence à afficher
   seqPanel.setRange(new RangeLocation(1,seq.length()));
 }
 
 /**
  * Redefinir pour terminer le programme lorsque la fenêtre est fermée.
  */
 protected void processWindowEvent(WindowEvent we){
   if (we.getID() == WindowEvent.WINDOW_CLOSING) {
     System.exit(0);
   }
   else {
     super.processWindowEvent(we);
   }
 }

} ```

Le code précédent donne l’image suivante:

frame|center|Affichage simple d’une séquence dans une fenêtre graphique