Comment filtrer les Features selon leur type?

Si vous venez de lire un fichier de séquence écrit en format GenBank, le résultat de cette lecture sera un objet Sequence qui contiendra plusieurs Features de types variés. Il est possible que vous ne soyez interessé que par les Features du type “CDS” par exemple. Pour filtrer les Features, vous utiliserez un FeatureFilter qui sera utilisé pour créer un FeatureHolder contenant uniquement les Features qui sont passé à travers le FeatureFilter.

L’exemple suivant montre l’utilisation d’un FeatureFilter “by Type”.

```java import java.util.*;

import org.biojava.bio.seq.*;

public class FilterByType {

 public static void main(String[] args) {
   Sequence seq = null;

 /*
  * votre code permettant d'initialiser seq avec une varieté de features
  * possiblement suite à la lecture d'un fichier Genbank ou similaire.
  */

   //créer un Filter pour le type "CDS"
   FeatureFilter ff = new FeatureFilter.ByType("CDS");

   //obtenir les Features filtres
   FeatureHolder fh = seq.filter(ff);

   //itérer sur les Features contenu dans fh
   for (Iterator i = fh.features(); i.hasNext(); ) {
     Feature f = (Feature)i.next();
   }
 }

} ```