Comment extraire l’information d’un fichier d’ontologie en format OBO?

Dans le version de développement, BioJava contient maintenant un parser pour les fichiers .OBO. Ce parser ré-utilise des portions du parser contenu dans le logiciel OBO-Edit, mais la librairie obo-edit et son interface graphique ne sont pas nécessaires pour extraire les infos d’un fichier .OBO. Un gros merci aux développeurs de OBO_Edit pour la permission de ré-utiliser en partie leur code source!

Le code du parser sera dans la prochaine version de BioJava. Pour l’utiliser dans son état présent, il vous faudra utiliser la version du serveur SVN.

```java @since 1.7 public static void main (String[] args) {

       String fileName = args[0];

   OboParser parser = new OboParser();
   InputStream inStream =  new FileInputStream(fileName);
       
   BufferedReader oboFile = new BufferedReader ( new InputStreamReader ( inStream ) );
       try {
           Ontology ontology = parser.parseOBO(oboFile, "my Ontology name", "description of ontology");
                       
           Set keys = ontology.getTerms();
           Iterator iter = keys.iterator();
           while (iter.hasNext()){
               Term term = (Term) iter.next();
               System.out.println("TERM: " + term.getName() + " " + term.getDescription());
               System.out.println(term.getAnnotation());
               Object[] synonyms =  term.getSynonyms();
               for ( Object syn : synonyms ) {
                   System.out.println(syn);
               }                   
           }           
       } catch (Exception e){
           e.printStackTrace();
       }

} ```