Comment obtenir les informations sur les atomes présent dans un fichier PDB?

BioJava possède un structure très flexible pour gérer des données sructurales de protéines. La classe Structure (javadocs) vous procure le conteneur principal à partir du quel vous pouvez accéder à toutes les données.

Un objet Structure contient la hiérarchie suivante de sous-objets:

Structure
   |
   Model(s)
      |
      Chain(s)
         |
         Group(s)
            |
            Atom(s)

Il existe différentes manières d’accéder aux données contenues dans un objet Structure. Par exemple, si vous voulez obtenir directement un tableau d’Atomes, utilisez le code suivant:

// pour obtenir tous les atomes de type Calpha dans la structure Atom[]
caAtoms = StructureTools.getAtomArray(structure, new String[]{"CA")};

Une autre façon de faire est d’utiliser des itérateurs pour parcourir les Atoms et les Groups.

```java public static int getNrAtoms(Structure s){

       int nrAtoms = 0;
       
       Iterator iter = new GroupIterator(s);
       
       while ( iter.hasNext()){
           Group g = (Group) iter.next();
           nrAtoms += g.size();
       }
       
       return nrAtoms;
   }

Ou comme ça:

```java

`       AtomIterator iter = new AtomIterator(structure) ;`  
`       while (iter.hasNext()) {`  
`           Atom atom = (Atom) iter.next() ;`  
`           Calc.rotate(atom,rotationmatrix);`  
`       }`