L’interface Group regroupe toutes les méthodes communes à un groupe d’atomes. On défini trois types de groupes d’atomes:

• AminoAcid
• Nucleotide
• Hetatom

Par exemple, pour obtenir la liste de tous les acides aminés observé dans une chaîne polypeptidique d’un fichier PDB, vous pouvez utiliser la méthode suivante:

```java Chain chain = s.getChainByPDB(“A”); List groups = chain.getAtomGroups("amino");

for (Group group : groups){

  AminoAcid aa = (AminoAcid) group;

  // faite quelque chose de tres proteine-specifique, 
  // par exemple: afficher l'assignation de structure secondaire
  System.out.println(aa + " " + aa.getSecStruc());

} ```

De la même manière, vous pouvez accéder aux groupes de nucléotides ou au groupes d’hétéroatomes:

java chain.getAtomGroups("nucleotide");

java chain.getAtomGroups("hetatm");

Puisque les trois types de groupe implémentent l’interface Group, vous pouvez aussi faire une itération sur une liste de groupes afin d’en obtenir le type:

```java List allgroups = chain.getAtomGroups();

for (Group group : groups){

  if ( group instanceof AminoAcid){
   AminoAcid aa = (AminoAcid) group;
   System.out.println(aa.getSecStruc());
  }

} ```