Comment faire interagir un objet de type Structure avec Jmol?

Jmol est un logiciel Java de visualisation de structure 3D de plus en plus populaire. L’exemple qui suit fait la démonstration de la procédure à suivre pour faire suivre une structure BioJava vers Jmol. Il est alors possible par exemple de visualiser un alignement structurel de protéines selon cette recette.

La classe BiojavaJmol permet l’affichage très simple d’un objet de type Structure, si JMol se trouve dans votre classpath.

```java public static void main(String[] args){

       try {

           PDBFileReader pdbr = new PDBFileReader();   
           
           pdbr.setPath("/Path/To/PDBFiles/");

           String pdbCode = "5pti";

           Structure struc = pdbr.getStructureById(pdbCode);

           BiojavaJmol jmolPanel = new BiojavaJmol();
           
           jmolPanel.setStructure(struc);
           
           // send some RASMOL style commands to Jmol
           jmolPanel.evalString("select * ; color chain;");
           jmolPanel.evalString("select *; spacefill off; wireframe off; backbone 0.4;  ");

       } catch (Exception e){
           e.printStackTrace();
       }
   }

```

Un exemple plus long

D’autres exemples plus complexes des interactions possibles entre BioJava et Jmol se trouve dans le repertoire SVN de SPICE.

```java /*

Jmol.jar doit etre dans votre classpath pour que cet exemple fonctionne. Vous pouvez l’obtenir a http://jmol.sourceforge.net

• /

package org.biojava.jmoltest;

import java.awt.Container; import java.awt.Dimension; import java.awt.Graphics; import java.awt.Rectangle; import java.awt.event.WindowAdapter; import java.awt.event.WindowEvent; import javax.swing.JFrame; import javax.swing.JPanel; import org.biojava.bio.structure.Structure; import org.biojava.bio.structure.io.PDBFileReader; import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter; import org.jmol.api.JmolAdapter; import org.jmol.api.JmolSimpleViewer;

public class SimpleJmolExample {

   JmolSimpleViewer viewer;
   Structure structure; 

   JmolPanel jmolPanel;
   JFrame frame ;

   public static void main(String[] args){
       try {

           PDBFileReader pdbr = new PDBFileReader();          
           pdbr.setPath("/Path/To/PDBFiles/");

           String pdbCode = "5pti";

           Structure struc = pdbr.getStructureById(pdbCode);

           SimpleJmolExample ex = new SimpleJmolExample();
           ex.setStructure(struc);
          
           
       } catch (Exception e){
           e.printStackTrace();
       }
   }

   public SimpleJmolExample() {
       frame = new JFrame();
       frame.addWindowListener(new ApplicationCloser());
       Container contentPane = frame.getContentPane();
       jmolPanel = new JmolPanel();
  
       jmolPanel.setPreferredSize(new Dimension(200,200));
       contentPane.add(jmolPanel);

       frame.pack();
       frame.setVisible(true); 

   }
   public void setStructure(Structure s) {
       
       frame.setName(s.getPDBCode());

       // Procedure tres simple:
       // convertir la structure en fichier PDB
 
       String pdb = s.toPDB();
      
       Structure = s;
       JmolSimpleViewer viewer = jmolPanel.getViewer();

       // Jmol peut egalment lire un fichier directement a partir
       // de votre systeme de fichiers local
       // Exemple:
       // viewer.openFile("/Path/To/PDB/1tim.pdb");
 
       // Expedier le fichier PDB a Jmol.
       // D'autres manieres existent, necessitant plus de code. 
       // Voir le lien SPICE ci-dessus...
       viewer.openStringInline(pdb);
       viewer.evalString("select *; spacefill off; wireframe off; backbone 0.4;  ");
       viewer.evalString("color chain;  ");
       this.viewer = viewer;

   }

   public void setTitle(String label){
       frame.setTitle(label);
   }

   public JmolSimpleViewer getViewer(){

       return jmolPanel.getViewer();
   }

   static class ApplicationCloser extends WindowAdapter {
       public void windowClosing(WindowEvent e) {
           System.exit(0);
       }
   }

   static class JmolPanel extends JPanel {
       /**
        * 
        */
       private static final long serialVersionUID = -3661941083797644242L;
       JmolSimpleViewer viewer;
       JmolAdapter adapter;
       JmolPanel() {
           adapter = new SmarterJmolAdapter();
           viewer = JmolSimpleViewer.allocateSimpleViewer(this, adapter);
           
       }

       public JmolSimpleViewer getViewer() {
           return viewer;
       }

       public void executeCmd(String rasmolScript){
           viewer.evalString(rasmolScript);
       }

       final Dimension currentSize = new Dimension();
       final Rectangle rectClip = new Rectangle();

       public void paint(Graphics g) {
           getSize(currentSize);
           g.getClipBounds(rectClip);
           viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
       }
   }

} ```