Note: Les classes contenues dans cet article ne font pas partie de la version 1.4 de BioJava. Elles sont disponibles dans la version de développement qui se trouve sur le serveur CVS.

Comment analyser les propriétés d’une séquence protéique en utilisant la base de données Amino Acid Index?

Afin d’analyser les propriétés des symboles contenus dans une séquence d’acides aminés (par exemple, l’hydrophobicité moyenne d’une protéine) , vous n’avez qu’à utiliser l’interface SymbolPropertyTable. La méthode getDoubleValue() qui s’y trouve retourne la valeur numérique pour un acide aminé donn&eacute tel qu’une valeur négative ou positive indiquant l’hydrophobicité d’un acide aminé par rapport aux autres acides aminés. La base de données Amino Acid Index contient plus de 500 différentes tables de propriété d’acide aminé toutes contenue dans une simple fichier en format texte appellé aaindex1. AAindex1 désigne également le nom du format de ce fichier.

Le fichier aaindex1 se charge en mémoire via l’utilisation de la classe AAindexStreamReader. Ensuite, il est possible de parcourir les différentes tables de propriété grâce à la méthode nextTable(), qui retourne chaque table comme un objet de type AAindex implémentant l’interface SymbolPropertyTable. Si le fichier doit être maintenu en mémoire pour accès aléatoire (en utilisant le nom de la table comme clé), il est possible de le faire via un objet de type SimpleSymbolPropertyTableDB dont le contenu est initialisé avec un objet de type AAindexStreamReader.

L’exemple suivant montre comment calculer l’hydrophobicité moyeenne pour une séquence de protéine (l’exemple ici contient les 20 acides aminés) en utilisant l’information contenue dans la table CIDH920105 du fichier aaindex1:

```java import org.biojava.seq.*; import org.biojava.symbol.*; import org.biojava.bio.proteomics.aaindex.*;

public class PropertyCalculator {

 public static void main(String[] args) {

   //Lecture du fichier
   SimpleSymbolPropertyTableDB db = new SimpleSymbolPropertyTableDB(new AAindexStreamReader(new FileReader("aaindex1")));
   
   // Creation de l'AAindex contenant les donnees de la table
   AAindex hydrophobicity = (AAindex) db.table("CIDH920105");

   // Creation d'une sequence simple
   SymbolList symbols = ProteinTools.createProtein("ARNDCEQGHILKMFPSTWYV");
   double hp = 0.0;

   // Iteration sur les symboles contenus dans la sequence    
   for (int i = 1; i <= symbols.length(); i++) {
     hp += hydrophobicity.getDoubleValue(symbols.symbolAt(i));
   }

   // Sortie du resultat sur STDOUT
   System.out.println("Average hydrophobicity: " + (hp / symbols.length()));
 }

} ```