Comment faire une Sequence à partir d’une chaîne de caractères ou créer une chaîne à partir d’une Sequence?

La plupart du temps, nous voyons les séquences biologiques représentés comme des chaînes de caraactères, par exemple “atgccgtggcatcgaggcatatagc”. C’est une manière pratique de visualiser et de représenter un polymère biologique plus complexe. BioJava utilise des SymbolLists et des Sequences pour représenter ces polymères biologiques sous la forme d’objets. Les Sequences prolongent les SymbolLists et contiennent des méthodes supplémentaires pour stocker des données comme le nom de la séquence et toute les caractéristiques qu’elle peut contenir. Cependant, vous pouvez à toute fin pratique considérez les Sequences comme des SymbolList.

A l’intérieur d’une Sequence ou d’une SymbolList, le polymère lui-même n’est pas stocker sous la forme d’une chaîne de type String. BioJava fait la différence entre la nature des différents résidus d’un biopolymère en utilisant des objets Symbol provenant de différents Alphabets. De cette manière, il est facile de dire qu’une séquence est faite d’ADN ou d’ARN ou autre chose et que le symbol ‘A’ de l’ADN n’est pas égal au symbole ‘A’ de l’ARN. Les détails de l’utilisation des Symbols, SymbolLists et Alphabets sont décrits ici. L’élément crucial est qu’il est nécessaire d’avoir une façon pour un programmeur de convertir une chaîne de caractères facilement saisissable en objet BioJava et vice versa. Pour ce faire, BioJava a des Tokenizers qui peuvent lire une chaîne de caractères et en parcourir le contenu pour le donner à un objet Sequence ou SymbolList de Biojava. Dans le cas de l’ADN, de l’ARN ou d’une protéine, il est possible de le faire avec un simple appel d’une seule méthode. L’appel utilise une méthode statique des classes DNATools, RNATools ou ProteinTools.

D’une chaîne à une SymbolList

```java import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class StringToSymbolList {

 public static void main(String[] args) {
  
   try {
     // créer une SymbolList d'ADN à partir d'une chaîne
     SymbolList dna = DNATools.createDNA("atcggtcggctta");

     // créer une SymbolList d'ARN à partir d'une chaîne
     SymbolList rna = RNATools.createRNA("auugccuacauaggc");

     // créer une SymbolList de Protein à partir d'une chaîne
     SymbolList aa = ProteinTools.createProtein("AGFAVENDSA");
   }
   catch (IllegalSymbolException ex) {
     // ce qui arrivera si un caractère d'une chaîne n'est pas
     // un caractère accepté par l"IUB pour ce Symbol.
     ex.printStackTrace();
   }
  
 }

} ```

D’une chaîne à une Sequence

```java import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class StringToSequence {

 public static void main(String[] args) {

   try {
     // créer une séquence d'ADN du nom de dna_1
     Sequence dna = DNATools.createDNASequence("atgctg", "dna_1");

     // créer une séquence d'ARN du nom de rna_1
     Sequence rna = RNATools.createRNASequence("augcug", "rna_1");

     // créer une séquence de protéine du nom de prot_1
     Sequence prot = ProteinTools.createProteinSequence("AFHS", "prot_1");
   }
   catch (IllegalSymbolException ex) {
     // une exception lancée si vous utilisés un symbol non-IUB
     ex.printStackTrace();
   }
 }

} ```

D’une SymbolList à une chaîne de caractères

Vous pouvez appeller la méthode seqString() sur une SymbolList ou une Sequence pour obtenir la chaîne de caractères contenant la séquence.

```java import org.biojava.bio.symbol.*;

public class SymbolListToString {

 public static void main(String[] args) {
   SymbolList sl = null;
   
   // mettre ici votre code afin d'instantier sl
  
   // convertir sl en chaîne de caractères
   String s = sl.seqString();
 }

} ```