Comment traduire une SymbolList ou une Sequence?

Pour traduire une séquence d’ADN, il vous faudra faire les choses suivantes:

• Transcrire en ARN;

• Obtenir une vue par codon sur la SymbolList.

• Traduire en protéine.

Presque tout cela peut se faire en utilisant des méthodes statiques contenues dans les classes-outils de BioJava. Le code qui suit démontre la procédure à suivre. Évidemment, si vous avez déjà une séquence d’ARN, vous pouvez passer la portion transcription.

Note: si vous essayez de créer une vue par triplet d’une SymbolList ou d’une Sequence dont la longueur ne se divise pas par 3, une exception de type IllegalArgumentException sera lancée. Jetez un coup d’oeil sur la manière de choisir une portion de la séquence afin de faire une bonne sélection.

```java import org.biojava.bio.symbol.*; import org.biojava.bio.seq.*;

public class Translate {

 public static void main(String[] args) {
   try {
     // créer une SymbolList d'ADN
     SymbolList symL = DNATools.createDNA("atggccattgaatga");

     // transcrire en ARN (après Biojava1.4,
     // cette méthode sera obsolète) 
     symL = RNATools.transcribe(symL);
     
     // transcrire en ARN (après Biojava1.4,
     // utiliser plutôt cette méthode) 
     symL = RNATools.transcribe(symL);

     // traduire en protéine
     symL = RNATools.translate(symL);

     // démonstration que ça fonctionne
     System.out.println(symL.seqString());
   }

   catch (IllegalAlphabetException ex) {
        /* 
         * ce qui arrivera si vous essayez de transcrire une séquence
         * non-ADN ou de traduire une séquence qui n'est pas une vue 
         * par triplet d'une séquence d'ARN.
         */
     ex.printStackTrace();
   }
   catch (IllegalSymbolException ex) {
   // ce qui se passera si des symboles non-IUB sont 
   // utilisés pour créer la SymbolList d"ADN
     ex.printStackTrace();
   }
}

} ```