Comment utilisé un code génétique non-standard?

La méthode translate() de la classe RNATools, utilisée dans l’exemple général de traduction, n’est utile que si vous voulez utilisez le code génétique universel. C’est pas très pratique si vous voulez utiliser un code plus exotique comme les codes mitochondriaux. Heureusement, il est possible de le faire avec BioJava. RNATools a aussi une méthode statique, getGeneticCode(String name), qui vous permet d’obtenir un objet TranslationTable par son nom.

Les codes génétiques suivants (TranslationTables) sont disponibles:

• FLATWORM_MITOCHONDRIAL

• FLATWORM_MITOCHONDRIAL

• ASCIDIAN_MITOCHONDRIAL

• EUPLOTID_NUCLEAR

• UNIVERSAL

• INVERTEBRATE_MITOCHONDRIAL

• BLEPHARISMA_MACRONUCLEAR

• ALTERNATIVE_YEAST_NUCLEAR

• BACTERIAL

• VERTEBRATE_MITOCHONDRIAL

• CILIATE_NUCLEAR

• MOLD_MITOCHONDRIAL

• ECHINODERM_MITOCHONDRIAL

Ce sont des noms valides qui peuvent servir d’argument dans la méthode statique RNATools.getGeneticCode(String name). Ces noms sont aussi disponibles comme String statiques dans la classe TranslationTools.

L’exemple suivant montre comment utiliser le code génétique pour la traduction des gènes nucléaire chez les Euplotides (ici, UGA = Cys).

```java import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class SingleTranslationDemo {

 public static void main(String[] args) {
   // faire un alphabet composé où les codons sont des Symbols
   Alphabet a = AlphabetManager.alphabetForName("(RNA x RNA x RNA)");

   // obtenir notre table de traduction en utilisant un des noms statiques de TranslationTable
   TranslationTable table = RNATools.getGeneticCode(TranslationTable.UNIVERSAL);

   try {
     // faire un "codon"
     SymbolList codon = RNATools.createRNA("UUG");

     // obtenir la représentation de ce codon comme un Symbol
     Symbol sym = a.getSymbol(codon.toList());

     // traduire en acide aminé
     Symbol aminoAcid = table.translate(sym);

     /*
      * Cette partie n'est pas nécessaire pour la traduction mais prouve que 
      * le Symbol vient du bon Alphabet. Une Exception sera lancee s'il 
      * ne l'ai pas.
      */
     ProteinTools.getTAlphabet().validate(aminoAcid);
   }
   catch (IllegalSymbolException ex) {
     ex.printStackTrace();
   }
 }

} ```