Comment obtenir la séquence en acide aminés avec le code à une lettre si la séquence nucléotidique traduite contient des ambiguités?

Dans certains contextes (par exemple, chez certains virus tel HIV), le séquençage de populations est fait afin de trouver les mutations pouvant induire la résistance à certaines drogues. Dans le cas du HIV, l’annotation d’une mutation se fait selon la convention suivante: par exmeple, I47VA signifie qu’à la position 47, l’acide aminé de référence I est remplacé par V ou A dans la population séquencée.

L’exemple suivant montre comment faire afin de récupérer les valeurs du code à une lettre nécessaire pour faire une telle annotation pour chaque position d’une séquence nucléotidique traduite.

```java import java.util.Iterator; import org.biojava.bio.BioException; import org.biojava.bio.seq.DNATools; import org.biojava.bio.seq.io.SymbolTokenization; import org.biojava.bio.symbol.Alphabet; import org.biojava.bio.symbol.FiniteAlphabet; import org.biojava.bio.symbol.Symbol; import org.biojava.bio.symbol.SymbolList;

public class AmbiguitySolution {

   public static void main(String[] args) {
       try {
           SymbolList symL = DNATools.createDNA("atnatggnnatg");
           SymbolList symL2 = DNATools.toProtein(symL);

           System.out.println("Translated sequence: " + symL2.seqString() + "\n");

           System.out.println("Show codons in three letter code taking ambiguities into account:");
           for (Iterator i = symL2.iterator(); i.hasNext();) {
               Symbol sym = (Symbol) i.next();
               System.out.println("" + sym.getName());
           }

           System.out.println("Show codons in one letter code: " + symL2.seqString());

           SymbolTokenization toke = symL2.getAlphabet().getTokenization("token");
           for (Iterator i = symL2.iterator(); i.hasNext();) {
               Symbol sym = (Symbol) i.next();

               Alphabet arg = sym.getMatches();

               for (Iterator i2 = ((FiniteAlphabet) arg).iterator(); i2.hasNext();) {

                   Symbol sym2 = (Symbol) i2.next();

                   // Pour imprimer le code à une lettre
                   System.out.println("one letter code: " + toke.tokenizeSymbol(sym2));

               // Pour imprimer le code à trios lettres,
               // Decommenter cette ligne
               //System.out.println("name: " + sym2.getName());
               }
               System.out.println("\n");
           }
       } catch (BioException ex) {
           ex.printStackTrace();
       }
   }

} ```