BioJava:CookBookItaliano:Sequence:Transcribe
Come posso trascrivere una Sequenze di DNA in una Sequenza di RNA?
In BioJava le Sequences/SymbolList di DNA e RNA sono generate utilizzando alfabeti diversi. E’ possibile passare da un alfabeto DNA a uno RNA utilizzando il metodo transcribe() in RNATools.
```java import org.biojava.bio.symbol.*; import org.biojava.bio.seq.*;
public class TranscribeDNAtoRNA {
public static void main(String[] args) {
try {
//crea a DNA SymbolList
SymbolList symL = DNATools.createDNA("atgccgaatcgtaa");
//la converto in RNA (questo metodo è deprecato dopo BioJava 1.4)
symL = RNATools.transcribe(symL);
//(dopo BioJava 1.4 si utilizza questo metodo)
symL = DNATools.toRNA(symL);
//verifichiamo il funzionamento
System.out.println(symL.seqString());
}
catch (IllegalSymbolException ex) {
//questa eccezione viene sollevata se viene utilizzato
//un simbolo che non è previsto dallo IUB per la creazione del DNA
ex.printStackTrace();
}catch (IllegalAlphabetException ex) {
//questa eccezione viene sollevata se si cerca e/o trascrive un non DNA SymbolList
ex.printStackTrace();
}
}
} ```