Come posso utilizzare una tavola di traduzione non standard?

L’utile metodo translate() appartenente a RNATools, utilizzato nell’esempio generale di traduzione, viene utilizzato solamente quando si utilizza la tavola di traduzione Universale. Questo metodo non funziona se si ha la necessità di utilizzare le rare tavole di traduzione Mitocondriali. Fortunatamente questo può essere fatto con Biojava. RNATools ha metodo statico getGeneticCode(String name) che ci permette di ottenere una diversa tavola di traduzione, un oggetto della classe TranslationTable, a partire dal nome.

Sono disponibili le seguenti tavole di traduzione:

• FLATWORM_MITOCHONDRIAL
• YEAST_MITOCHONDRIAL
• ASCIDIAN_MITOCHONDRIAL
• EUPLOTID_NUCLEAR
• UNIVERSAL
• INVERTEBRATE_MITOCHONDRIAL
• BLEPHARISMA_MACRONUCLEAR
• ALTERNATIVE_YEAST_NUCLEAR
• BACTERIAL
• VERTEBRATE_MITOCHONDRIAL
• CILIATE_NUCLEAR
• MOLD_MITOCHONDRIAL
• ECHINODERM_MITOCHONDRIAL

Questi nomi possono essere passati come argomento al metodo statico RNATools.getGeneticCode(String name). Questi nomi sono anche presenti come Stringhe costanti della classe TranslationTools.

Il seguente programma mostra l’utilizzo della tavola di traduzione relativa a Euplotid Nuclear (dove UGA = Cys).

```java import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class AlternateTranslation {

 public static void main(String[] args) {

   //ottengo una diversa tavola di traduzione
   TranslationTable eup = RNATools.getGeneticCode(TranslationTable.EUPL_NUC);

   try {
     //creo una sequenza di DNA che include il codono 'tga'
     SymbolList seq = DNATools.createDNA("atgggcccatgaaaaggcttggagtaa");

     //lo trascrivo in RNA
     seq = RNATools.transcribe(seq);

     //creo una vista della sequenza di RNA in codoni, normalmente questo è fatto internamente nel metodo RNATool.translate()
     seq = SymbolListViews.windowedSymbolList(seq, 3);

     //traduciamo
     SymbolList protein = SymbolListViews.translate(seq, eup);

     //stampa a video la proteina
     System.out.println(protein.seqString());
   }
   catch (Exception ex) {
     ex.printStackTrace();
   }
 }

} ```