Come è possibile ottenere una traduzione con codice a una lettera di una sequenza che contiene ambiguità?

In un contesto di ricerca sull’HIV, si effettua il sequenziamento del genoma della popolazione per mutazioni che possono indurre una resistenza contro determinate droge. Per questo motivo le sequenze provenienti dall’HIV spesso contengono ambiguità. Le annotazioni utilizzate per le mutazioni dell’HIV seguono la seguente convenzione: I47VA (“47” è la posizione di riferimento nella sequenza, I l’aminoacido nella sequenza di riferimento, “V,A” gli aminoacidi nella sequenza su cui stiamo lavorando).

Questo esempio mostra come ottenere la codifica ad una lettera necessaria per questo tipo di annotazione in ogni posizione della sequenza tradotta:

```java import java.util.Iterator; import org.biojava.bio.BioException; import org.biojava.bio.seq.DNATools; import org.biojava.bio.seq.io.SymbolTokenization; import org.biojava.bio.symbol.Alphabet; import org.biojava.bio.symbol.FiniteAlphabet; import org.biojava.bio.symbol.Symbol; import org.biojava.bio.symbol.SymbolList;

public class TranslationOneLetter {

   public static void main(String[] args) {
       try {
           SymbolList symL = DNATools.createDNA("atnatggnnatg");
           SymbolList symL2 = DNATools.toProtein(symL);

           System.out.println("Translated sequence: " + symL2.seqString() + "\n");

           System.out.println("Show codons in three letter code taking ambiguities into account:");
           for (Iterator i = symL2.iterator(); i.hasNext();) {
               Symbol sym = (Symbol) i.next();
               System.out.println("" + sym.getName());
           }

           System.out.println("Show codons in one letter code: " + symL2.seqString());

           SymbolTokenization toke = symL2.getAlphabet().getTokenization("token");
           for (Iterator i = symL2.iterator(); i.hasNext();) {
               Symbol sym = (Symbol) i.next();

               Alphabet arg = sym.getMatches();

               for (Iterator i2 = ((FiniteAlphabet) arg).iterator(); i2.hasNext();) {

                   Symbol sym2 = (Symbol) i2.next();

                   //questo stampa il codice a 1 lettera
                   System.out.println("one letter code: " + toke.tokenizeSymbol(sym2));

               //questo stampa il codice a 3 lettere
               System.out.println("name: " + sym2.getName());
               }
               System.out.println("\n");
           }
       } catch (BioException ex) {
           ex.printStackTrace();
       }
   }

} ```