Comment faire pour créer un Symbol ambiguë comme Y ou R?

L’UIB defini des codes standard pour les symboles ambiguës tel que Y (représentant C ou T) et R (représentant G ou C) et N (tous les nucléotides). BioJava représente ces Symbols sous la forme de BasisSymbols. Ces objets BasisSymbol peuvent contenir un ou plusieurs composantes de type Symbol qui sont des membres valides du même alphabet que celui qu’utilise BasisSymbol. Par conséquent, ils peuvent donc devenir ambiguës.

Généralement, un Symbol ambiguë est récupéré en appelant la méthode getAmbiguity(Set symbols) de l’Alphabet à partir du quel le Symbol en question est supposé provenir. Dans le cas de la création du Symbol Y, l’ensemble (Set) utilisé comme argument contiendra les Symbols ‘C’ et ‘T’ de l‘Alphabet ADN.

```java import org.biojava.bio.symbol.*; import org.biojava.bio.seq.*; import java.util.*;

public class Ambiguity { public static void main(String[] args) { try {

     // obtenir l'alphabet d"ADN
     Alphabet dna = DNATools.getDNA();

     // créer le Symbol "Y"
     Set symbolsThatMakeY = new HashSet();
     symbolsThatMakeY.add(DNATools.c());
     symbolsThatMakeY.add(DNATools.t());
     Symbol y = dna.getAmbiguity(symbolsThatMakeY);

     // imprimer l'info à propos du BasisSymbol  "Y"
     System.out.println("Formal name of "Y" is: "+y.getName());
     System.out.println("Class type of "Y" is: "+y.getClass().getName());

     // décomposer le BasisSymbol Y en ces composantes AtomicSymbols
     Alphabet matches = y.getMatches();
     System.out.print("The "Y" Symbol is made of: ");

     // nous savons que l'ensemble est de nature fini(FiniteAlphabet)
     // donc nous pouvons en imposer le type
     for(Iterator i = ((FiniteAlphabet)matches).iterator(); i.hasNext();){
       Symbol sym = (Symbol)i.next();
       System.out.print(sym.getName());
       if(i.hasNext())
         System.out.print(", ");
     }

   }
   catch (IllegalSymbolException ex) {
     ex.printStackTrace();
   }
 }

} ```