BioJava:CookbookFrench:Alphabets:CustomAlphabets
Comment créer un Alphabet sur mesure à partir de Symbols crées aussi sur mesure?
Cet exemple présente la création d’un Alphabet appellé ‘Binary’ qui contiendra deux Symbols: zéro et un. L‘Alphabet et les Symbols sur mesure peuvent alors être utilisé pour créer des SymbolLists, des Sequences, des Distributions, etc.
```java import org.biojava.bio.symbol.*; import org.biojava.bio.*; import java.util.*;
public class Binary {
public static void main(String[] args) {
// créer le Symbol "zero" sans annotation
Symbol zero =
AlphabetManager.createSymbol("zero", Annotation.EMPTY_ANNOTATION);
// créer le Symbol "un", similaire
Symbol one =
AlphabetManager.createSymbol("one", Annotation.EMPTY_ANNOTATION);
// regrouper les Symbols dans un Set
Set symbols = new HashSet();
symbols.add(zero); symbols.add(one);
// créer l'Alphabet binaire: Binary
FiniteAlphabet binary = new SimpleAlphabet(symbols, "Binary");
// faire une itération sur les Symbols pour montrer que tout fonctionne
for (Iterator i = binary.iterator(); i.hasNext(); ) {
Symbol sym = (Symbol)i.next();
System.out.println(sym.getName());
}
// il est pratique usuel d'enregistrer les Alphabets nouvellement
// crées avec l'AlphabetManager
AlphabetManager.registerAlphabet(binary.getName(), binary);
/*
* L'Alphabet nouvellement crée a été enregistré avec l'AlphabetManager
* sous le nom de "Binary". Si vous cherchez une copie de l'objet avec cet alphabet, il
* devrait etre identique à celui qui l'a créer
*/
Alphabet alpha = AlphabetManager.alphabetForName("Binary");
// vérifier que les deux objets sont identiques
System.out.println(alpha == binary);
}
} ```