Comment utiliser une WeightMatrix pour trouver un motif?

Une WeightMatrix est une manière pratique de représenter un alignement ou un motif. Elle peut aussi être utilisée comme matrice d’évaluation (scoring matrix) pour détecter un motif similaire dans une autre séquence. BioJava contient une classe WeightMatrix dans le package org.biojava.bio.dp. Il y a aussi une classe WeightMatrixAnnotator qui utilise un objet de type WeightMatrix afin d’ajouter les motifs trouvés sous la forme de Features, pourvu que le motif trouvé dépasse un seuil de détection.

Le programme suivant crée une WeightMatrix à partir d’un alignement et utilise cette matrice pour annoter une Sequence avec un seuil minimal de détection de 0.1.

```java import java.util.*; import org.biojava.bio.dist.*; import org.biojava.bio.dp.*; import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class WeightMatrixDemo { public static void main(String[] args) throws Exception{

   //créer un alignement de motifs.
   Map map = new HashMap();
   map.put("seq0", DNATools.createDNA("aggag"));
   map.put("seq1", DNATools.createDNA("aggaa"));
   map.put("seq2", DNATools.createDNA("aggag"));
   map.put("seq3", DNATools.createDNA("aagag"));
   Alignment align = new SimpleAlignment(map);

   //créer un tableau de Distribution[] pour ce motif
   Distribution[] dists =
       DistributionTools.distOverAlignment(align, false, 0.01);

   //créer une WeightMatrix
   WeightMatrix matrix = new SimpleWeightMatrix(dists);

   //la séquence où ce motif est recherché
   Sequence seq = DNATools.createDNASequence("aaagcctaggaagaggagctgat","seq");

   //annoter la séquence avec la matrice pour une valeur seuil basse (0.1)
   WeightMatrixAnnotator wma = new WeightMatrixAnnotator(matrix, 0.1);
   seq = wma.annotate(seq);

   //imprimer l'information des matches
   for (Iterator it = seq.features(); it.hasNext(); ) {
        Feature f = (Feature)it.next();
        Location loc = f.getLocation();
        System.out.println("Match at " + loc.getMin()+"-"+loc.getMax());
        System.out.println("\tscore : "+f.getAnnotation().getProperty("score"));
   }
 }

} ```