Comment créer une séquence aléatoire à partir d’une Distribution?

Les objets Distribution de BioJava ont une méthode pour échantillonner les Symbols. En échantillonnant suffisamment de Symbols, vous pouvez contruire une séquence aléatoire. Puisque c’est une tâche courante, une méthode statique de DistributionTools, generateSequence(), est fournie.

Le programme suivant crée une séquence aléatoire utilisant une Distribution uniforme sur l’Alphabet ADN. La séquence émise sera à chaque fois différente mais sa composition devrait être proche de 25% par résidu. Des distributions non-uniformes peuvent aussi être utilisées pour créer des séquences biaisées.

```java import org.biojava.bio.dist.*; import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.seq.io.*; import java.io.*;

public class RandomSequence {

 public static void main(String[] args) {
   //créer une distribution uniforme sur l'Alphabet ADN
   Distribution dist = new UniformDistribution(DNATools.getDNA());

   //créer une séquence aléatoire de 700 nuc.
   Sequence seq = DistributionTools.generateSequence("random seq", dist, 700);
   
   try {
     //imprimer sur STDOUT
     SeqIOTools.writeFasta(System.out, seq);
   }
   catch (IOException ex) {
     //erreur de i/o
     ex.printStackTrace();
   }
 }

} ```