Comment obtenir les Features et les Annotations graphiquement sous la forme d’un arbre?

Sachant que les Sequences peuvent contenir des Annotations, avec leurs paires de clé-valeur, et des Features, et que ces Features peuvent contenir des information, des Annotations et des Features imbriqués, capables aussi de contenir d’autres Annotations, Features imbriqués, etc, il est facile de concevoir qu’une représentation graphique sous forme d’un arbre structuré serait d’une grande utilité.

Heureusement, la joyeuse équipe BioJava a crée la classe FeatureTree pour vous faire voir comment cet arbre se présente. FeatureTree prolonge la composante JTree et peut facilement être utilisé dans un interface graphique. Les données utilisées pour créer l’arbre proviennent d’un objet SequenceDB lui-même crée suite à la lecture d’un fichier texte

Le programme suivant démontre l’utilisation d’un FeatureTree. Il prends deux arguments: le premier est le nom du fichier, le deuxième est un entier désignant le format des données.

```java import java.awt.*; import java.awt.event.*; import java.io.*;

import javax.swing.*;

import org.biojava.bio.gui.*; import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.seq.db.*; import org.biojava.bio.seq.io.*;

public class TreeFrame extends JFrame {

  private JPanel jPanel = new JPanel();
  private JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
  private BorderLayout borderLayout = new BorderLayout();
  private FeatureTree featureTree = new FeatureTree();

  public TreeFrame() {
    try {
       init();
    }
    catch(Exception e) {
     e.printStackTrace();
    }
  }

  /**
   * Ce programme peut lire les fichiers en format supporté par SeqIOTools et 
   * dessiné ces Sequence, Annotations et Features sous forme d"arbre. Il prend   
   * deux arguments: le 1er est le nom du fichier, le 2emeest une constante entière
   * pour définir le type de fichier avec SeqIOTools. Consulter API pour SeqIOTools  
   * pour les types possibles.  
   *
   * Les constantes valides sont :
   *
   * FASTADNA = 1;
   * FASTAPROTEIN = 2;
   * EMBL = 3;
   * GENBANK = 4;
   * SWISSPROT = 5;
   * GENPEPT = 6;
   *
   */
   public static void main(String[] args) throws Exception{

   //lire le fichier de séquence
   BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(args[0]));
   
   //obtenir le format du fichier à partir de la ligne de commande
   int type = Integer.parseInt(args[1]);

   //lire les séquences dans une DB servant de modèle pour l'arbre
   SequenceDB db = new HashSequenceDB();
   SequenceIterator iter = (SequenceIterator)SeqIOTools.fileToBiojava(type, br);
   while(iter.hasNext()){
     db.addSequence(iter.nextSequence());
   }
   UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
   TreeFrame treeFrame = new TreeFrame();
   //dicter que la SequenceDB servira de source de données
   treeFrame.getFeatureTree().setSequenceDB(db);
   treeFrame.pack();
   treeFrame.show();
   }

   private void init() throws Exception {
     jPanel.setLayout(borderLayout);
     this.setTitle("FeatureTree Demo");
     this.getContentPane().add(jPanel, BorderLayout.CENTER);
     jPanel.add(jScrollPane1,  BorderLayout.CENTER);
     jScrollPane1.getViewport().add(featureTree, null);
   }

   public FeatureTree getFeatureTree() {
     return featureTree;
   }

   protected void processWindowEvent(WindowEvent we){
     if(we.getID() == WindowEvent.WINDOW_CLOSING){
        System.exit(0);
     }
     else{
        super.processWindowEvent(we);
     }
 }

} ```