Comment fonctionne les CircularLocations?

Certains types de molécules d’ADN, comme les plasmides et les chromosomes bactériens, sont circulaires. Les positions sur une molécule circulaire sont donc spécifiées relativement à une origine fixée de façon arbitraire.

Dans BioJava, les SymbolLists circulaires n’existent pas. Les Symbols sous-jacents sont stockés ultimement comme un tableau de pointeurs vers des Symbols. Un effet de cicularité peut être simuler en utilisant un objet CircularView (qui implemente SymbolListView).

Dans une SymbolList, il est impossible d’accéder à un Symbol en utilisant une Location qui se trouve à l’extérieur de la SymbolList. Essayer d’obtenir le Symbol à la position 0 ou length+1 lancera une exception de type IndexOutOfBounds. Dnas le cas d’une CircularView, il est tout a fait possible de rechercher le Symbol à 0 ou -5 et de s’attendre à obtenir ce Symbol. Parce que BioJava utilise un système de coordonnées biologique, une Sequence se numérote de 1 à length.

Il n’y a pas de limite sur l’indexage d’une CircularView et une convention particulière est utilisée pour la numérotation. Le Symbol à l’index 1 est le premier Symbol de la SymbolList sous-jacente. Le Symbol à l’index 0 est la base précédent immédiatement le Symbol 1 et, dans ce cas, est aussi la dernière base de la SymbolList sous-jacente.

La classe CircularLocation s’occupe des objets CircularLocations. La meilleure façon de créer des CircularLocations est de les contruire avec la classe LocationTools. L’exmple ci-dessous montre comment faire.

Note: La recette suivante ne fonctionne bien qu’avec des versions récentes de BioJava, 1.3 et plus.

```java import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class SpecifyCircular {

 public static void main(String[] args) {
   try {
     Location[] locs = new Location[3];
     //créer une CircularLocation spécifiant les positions 3-8 d'un 20mer
     locs[0] = LocationTools.makeCircularLocation(3,8,20);
     //créer une CircularLocation spécifiant les positions 0-4 d'un 20mer
     locs[1] = LocationTools.makeCircularLocation(0,4,20);
     //créer une CircularLocation spécifiant les positions 18-24 d'un 20mer
     locs[2] = LocationTools.makeCircularLocation(18,24,20);

     for (int i = 0; i < locs.length; i++){
       //imprimer la position
       System.out.println("Location: "+locs[i].toString());

       //créer une SymbolList
       SymbolList sl = DNATools.createDNA("gcagctaggcggaaggagct");
       System.out.println("SymbolList: "+sl.seqString());

       //obtenir la SymbolList spécifiée par la CircularLocation
       SymbolList sym = locs[i].symbols(sl);
       System.out.println("Symbol specified by Location: "+sym.seqString());
     }
   }
   catch (IllegalSymbolException ex) {
     //si on utilise un Symbol illégal pour créer sl
     ex.printStackTrace();
   }
 }

} ```