Comment créer une caractéristique (Feature)?

Dans BioJava, les Features sont un peu comme des Annotation mais avec une position (Location). Il existe plusieurs types de Features qui tous implémentent l’interface Feature. Toutes les implémentations de Feature contiennent une classe interne appellée ‘Template’. Cette classe Template spécifie le contenu minimum en information nécessaire pour créer un Feature. Une caractéristique (un Feature) est créer lorsque le patron du Feature est passer en argument à la méthode createFeature(Feature templ) d’une implémentation de l’interface FeatureHolder.

En pratique, la classe Sequence est un sous-interface de FeatureHolder, afin de lui permettre de contenir des Features. Noter cependant qu’un objet SymbolList ne peut contenir de Features. Une autre particuliarité intéressante est le fait que l’interface Feature est aussi un sous-interface de FeatureHolder. Ceci permet donc à un objet Feature de contenir des sous-Features dans une hiérarchie imbriquée. Ainsi, un Feature ‘gene’ peut contenir des Features ‘exon’ qui eux-même peuvent contenir des Features ‘snp’ et ainsi de suite. Un mécanisme de sureté construit à même la classe empêche un Feature de ce contenir lui-même.

Les gabarits de Feature peuvent être crées de novo ou copiés à partir d’un Feature déjà existant; l’exemple qui suit montre les deux méthodes.

```java import org.biojava.bio.*; import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.symbol.*; import org.biojava.utils.*;

public class MakeAFeature {

 public static void main(String[] args) {
   //obtenir le gabarit du Feature pour un StrandedFeature
   StrandedFeature.Template templ = new StrandedFeature.Template();

   //remplir l"info pour ce gabarit
   templ.annotation = Annotation.EMPTY_ANNOTATION;
   templ.location = new RangeLocation(3,6);
   templ.source = "my feature";
   templ.strand = StrandedFeature.POSITIVE;
   templ.type = "interesting motif";

   try {
     //la séquence qui va avoir ce Feature
     Sequence seq = DNATools.createDNASequence("atgcgcttaag","seq1");
     System.out.println(seq.getName()+" contains "+seq.countFeatures()+" features");

     System.out.println("adding new feature...");

     //créer ce Feature sur cette séquence et obtenir un pointeur qui nous permettra d'en faire un autre
     Feature f = seq.createFeature(templ);
     System.out.println(seq.getName()+" contains "+seq.countFeatures()+" features");

     //créer un gabarit identique à celui utilisé pour faire f
     templ = (StrandedFeature.Template)f.makeTemplate();
     //on lui donne une position et un nom différent
     templ.location = new PointLocation(4);
     templ.type = "point mutation";

     System.out.println("adding nested feature...");
     //ajouter ce nouveau Feature comme imbriqué dans f
     f.createFeature(templ);

     //observer que countFeatures() ne compte que les Features de 1er niveau
     System.out.println(seq.getName()+" contains "+seq.countFeatures()+" features");
     System.out.println(f.getSource()+" contains "+seq.countFeatures()+" features");
   }
   catch (Exception ex) {
     ex.printStackTrace();
   }
 }

} ```