Comment transformer un fichier de tracé ABI en Sequence BioJava?

Une grande partie de la bio-informatique consiste en lectures d’un (ou de plusieurs) morceau d’ADN obtenu à l’aide d’un séquenceur automatique. Un fichier de sortie typique est un tracé ABI. BioJava contient une classe appelée ABITrace qui lira soit un fichier ABITrace, un URL ou un tableau byte[] pour stocker les valeurs pour ensuite les récupérer pour les traitements à venir.

Le programme suivant est une version modifiée d’un programme gracieusement offert par Matthew Pocock. Il montre comment créer une Sequence BioJava à partir d’un fichier de tracé ABI.

```java import java.io.*; import org.biojava.bio.*; import org.biojava.bio.program.abi.*; import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.seq.impl.*; import org.biojava.bio.seq.io.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class Trace2Seq {

   public static void main(String[] args) throws Exception {
   File traceFile = new File(args[0]);
   
   //le nom de la séquence
   String name = traceFile.getName();

   //lire le tracé
   ABITrace trace = new ABITrace(traceFile);

   //extraire les Symbols
   SymbolList symbols = trace.getSequence();

   //créer une séquence en bonne et due forme    
   Sequence seq = new SimpleSequence(symbols, name, name, Annotation.EMPTY_ANNOTATION);

   //écrire la séquence sur STDOUT
   SeqIOTools.writeFasta(System.out, seq);
 }

} ```