Comment extraire les Sequences à partir de fichiers en format GenBank/ EMBL/ SwissProt etc., pour ensuite les écrire en format Fasta?

Pour accomplir cette tâche de conversion, nous allons modifier le lecteur de base de la démo précédente pour y inclure la possibilité d’écrire les données de séquence en format FASTA. L’exmple fourni fonctionne à partir de la version 1.3 de BioJava.

```java import java.io.*;

import org.biojava.bio.*; import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.seq.io.*;

public class GeneralReader {

 /**
  * Ce programme lira n'importe quel fichier dans un format supporté par SeqIOTools.
  * Il prend trois arguments: le 1er est le nom du fichier, le 2ème le format et le 3ème 
  * est le type de molecule qui est lu. Les combinaisons illégales (par ex. séquence d'ADN 
  * en SwissProt) lancera une exception.
  *
  * Formats permis: (minuscule ou majuscule).
  *
  * FASTA
  * EMBL
  * GENBANK
  * SWISSPROT (or swiss)
  * GENPEPT
  *
  * Types de séquence permises: (minuscule ou majuscule).
  *
  * DNA
  * AA (or Protein)
  * RNA
  *
  */
  public static void main(String[] args) {
      try {
          //prépare un BufferedReader pour lecture du fichier
     BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(args[0]));

          //le format du fichier
     String format = args[1];

          //l'Alphabet
     String alpha = args[2];

     /*
      * créer un SequenceIterator pour parcourir toutes les séquences du fichier.
      * SeqIOTools.fileToBiojava() retourne un Object. Si le fichier lu est un
      * alignment, tel que MSF, un objet Alignment est retourné, sinon un
      * SequenceIterator est retourné.
      */
     SequenceIterator iter =
         (SequenceIterator)SeqIOTools.fileToBiojava(format, alpha, br);

     // faire quelque chose avec les séquences
     SeqIOTools.writeFasta(System.out, iter);
      }
      catch (FileNotFoundException ex) {
          //ne trouve pas le fichier spécifié en args[0]
          ex.printStackTrace();
      }catch (BioException ex) {
          //nom de format de fichier invalide
          ex.printStackTrace();
      }catch (IOException ex){
          //erreur d'écriture du format fasta
          ex.printStackTrace();
      }
  }

} ```