Comment faire pour lire une fichier de séquence, quel que soit son format, avec Biojavax?

Depuis le début de son développement, Biojava permet la lecture de fichiers de séquence écrit dans divers formats. Depuis Biojava 1.5 et l’ajout de l’extension Biojavax, la façon de faire pour lire les fichiers a quelque peu changer. Vous pouvez toujours utiliser la classe SeqIOTools mais elle est maintenant marquée comme obsolète et a été remplacé par la classe RichSequenceIO.Tools. Cette nouvelle classe crée des objets de la classe RichSequence qui préservent mieux le contenu en information des différents formats afin de s’hormoniser avec les bases de données se conformant à BioSQL; cette classe inaugure également l’utilisation des namespaces. L’extension Biojavax permet aussi la création de nouvelles classes permettant la lecture de nouveaux formats.

Cependant pour la plupart des utilisateurs, ça reste académique! La procédure suivante montre les similitudes et les différences avec les techniques précédentes. RichSequenceIO.Tools vous permet de lire les fichiers (qu’ils soient d’ADN, d’ARN ou de protéines) écrits dans l’un des formats suivant:

• EMBL (natif ou XML)
• FASTA
• GenBank
• INSDseq
• UniProt (natif ou XML)

RichSequenceIO.Tools a aussi une méthode, readFile, qui tentera de lire le fichier en devinant son format.

```java import java.io.BufferedReader; import java.io.FileReader;

import org.biojavax.SimpleNamespace; import org.biojavax.bio.seq.RichSequence; import org.biojavax.bio.seq.RichSequenceIterator;

public class ReadGES_BJ1_6{

   /* 
    * ReadGES_BJ1_6.java - Une petite demo de lecture d'un fichier de sequence
    * de format connu avec l'extension Biojavax (necessite BJ1.5 ou plus récent) 
    * 
    * args[0] correspond à un fichier de sequence
    */
   public static void main(String[] args) {
       BufferedReader br = null;
       SimpleNamespace ns = null;
       
       try{
           br = new BufferedReader(new FileReader(args[0]));
           ns = new SimpleNamespace("biojava");
           
           // L'API (BJ1.5 et plus) décrit les différents formats lus
           RichSequenceIterator rsi = RichSequence.IOTools.readFastaDNA(br,ns);
   
           // Comme un fichier peut contenir plus d'une sequence, il est necessaire 
                       // d'utiliser un iterateur et de le parcourir pour obtenir les sequences.
           while(rsi.hasNext()){
               RichSequence rs = rsi.nextRichSequence();
               System.out.println(rs.getName());
           }
       }
       catch(Exception be){
           be.printStackTrace();
           System.exit(-1);
       }
   }

} ```