Comment imprimer une Sequence en format Fasta?

Le format FASTA est un format de sortie pas mal standard de la bioinformatique et est facile à lire. BioJava possède une classe-outil, appelée SeqIOTools, qui procure au programmeur des méthodes statiques pour exécuter une variété de tâches d’entrée/sortie communes en bio-informatique. Les morceaux de code qui suivent montrent comment imprimer une Sequence ou un ensemble de séquences contenues dans un objet de type SequenceDB en format FASTA vers un OutputStream tel que System.out. Toutes les méthodes du type writeFormatType retrouvées dans SeqIOTools prennent un OutputStream comme argument. De cette façon, vous pouvez diriger la nouvelle séquence formattée vers un fichier ou une autre méthode, ou STDOUT, STDERR etc. SeqIOTools se trouve dans le package org.biojava.bio.seq.io

Imprimer les séquences contenues dans un objet SequenceDB

```java // créer une instance de l’interface SequenceDB SequenceDB db = new HashSequenceDB();

// ajouter des séquences à la DB db.addSequence(seq1); db.addSequence(seq2);

/*

* imprimer maintenant à un flux de sortie en format FASTA en utilisant la méthode
* statique retrouvée dans la classe-utilitaire SeqIOTools. Ici, la sortie se fait sur
* STDOUT
*/

SeqIOTools.writeFasta(System.out, db); ```

Imprimer à partir d’un objet SequenceIterator

Plusieurs des méthodes readXYZ() de SeqIOTools retournent un SequenceIterator qui fait l’iteration de toutes les séquences d’un fichier. La plupart des méthodes writeXXX() de SeqIOTools ont donc une version qui prends un SequenceIterator comme argument.

```java SequenceIterator iter = (SequenceIterator) SeqIOTools.fileToBiojava(fileType,br);

// écrire le tout en FASTA, (n’importe quel OutputStream est valide, pas juste System.out) SeqIOTools.writeFasta(System.out,iter); ```

Imprimer une seule Sequence

```java /* SeqIOTools a aussi une méthode qui prends une seule séquence

* pour ne pas avoir à créer une SequenceDB
*/

SeqIOTools.writeFasta(System.out,iter); ```