Comment changer le nom d’une Sequence?

La plus grande partie des objets BioJava sont immuables. C’est une mesure de sécurité pour prévenir des changements pouvant corrompre l’intégrité des données. Une conséquence de cette politique est que la méthode setName() n’existe pas pour des objets de type Sequence. Une façon de changer votre “aperçu” d’une Sequence est de créer un objet de type ViewSequence en utilisant l’objet Sequence original en argument dans le constructeur. En arrière-scène, ViewSequence, agissant en wrapper, intercepte certains des appels de méthodes à la Sequence sous-jacente et donne la possibilité de changer le nom. Le programme suivant montre la manière de faire.

```java import java.io.*;

import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.seq.io.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class NameChange {

 public static void main(String[] args) {
   try {
     Sequence seq =
         DNATools.createDNASequence("atgcgctaggctag","gi|12356|ABC123");

     // créer un aperçu de la séquence et en changer le nom
     Sequence view = SequenceTools.view(seq, "ABC123");

     // imprime en FASTA pour prouver le changement de nom
     SeqIOTools.writeFasta(System.out, view);
   }
   catch (IllegalSymbolException ex) {
     // tentative de créer seq avec des symboles non-ADN
     ex.printStackTrace();
   }
   catch (IOException ex) {
     // impossible d'imprimer seq2 sur System.out??
     ex.printStackTrace();
   }
 }

} ```