Comment transformer un motif en expression régulière?

Une utilisation très intéressante de la classe MotifTools est la transformation d’une Sequence en expression régulière de type Pattern utilisable à partir de Java 1.4. Vous pouvez ensuite utiliser ce Pattern pour faire des recherches sur des Strings avec ce Pattern. L’expression régulière peut même être créer à partir d’une séquence aussi ambigue que “acgytnwacrs”.

L’exemple suivant, gracieuseté de Andy Hammer, montre comment faire pour chercher des motifs dans des Sequences. Le programme trouve toutes les instances d’un motif sur une séquence lue en format FASTA et les affichent en sortie standard.

```java import java.io.BufferedReader; import java.io.FileInputStream; import java.io.InputStreamReader; import java.util.regex.Matcher; import java.util.regex.Pattern;

import org.biojava.bio.BioError; import org.biojava.bio.BioException; import org.biojava.bio.seq.DNATools; import org.biojava.bio.seq.ProteinTools; import org.biojava.bio.seq.RNATools; import org.biojava.bio.seq.Sequence; import org.biojava.bio.seq.SequenceIterator; import org.biojava.bio.seq.io.SeqIOTools; import org.biojava.bio.symbol.MotifTools; import org.biojava.bio.symbol.SymbolList;

public class MotifLister{

 private SymbolList motif;
 private int frame;
 private int count;
 private SequenceIterator si;

 public MotifLister(String type, String inputFile,
                    String target, String placement)throws Exception{

   System.out.println("MotifLister is searching file " + inputFile +
                      " for the motif "" + target +
                      "" in frame " + placement + ".");

   try{
     if(type.equalsIgnoreCase("dna")){
       motif = DNATools.createDNA(target);
     }else if(type.equalsIgnoreCase("rna")){
       motif = RNATools.createRNA(target);
     }else{
       motif = ProteinTools.createProtein(target);
     }
   }
   catch(BioError e){
     System.out.println("Error!!  Data type must match type of motif.");
     System.out.println("Specifically, " + target + " is not " + type);
     System.exit(0);
   }

   frame = Integer.parseInt(placement);

   if (frame < 0 || frame > 3) {
     System.out.println("Only frames 0 through 3 are allowed");
     System.out.println("frame zero searches all frames.");
     System.exit(0);
   }

   // créer une expression régulière avec la 
   // SymbolList en utilisant MotifTools
   Pattern p = Pattern.compile( MotifTools.createRegex(motif) );

   count = 0;

   // lire le fichier en entrée de donnée
   FileInputStream fis = new FileInputStream(inputFile);
   InputStreamReader isr = new InputStreamReader(fis);
   BufferedReader input = new BufferedReader(isr);

   try{
     si = (SequenceIterator)SeqIOTools.fileToBiojava("fasta", "type", input);

     // pour chaque séquence
     while (si.hasNext()){
       Sequence seq = si.nextSequence();

       // obtenir le Matcher correspondant au Pattern
       Matcher matcher = p.matcher(seq.seqString());

       int start = 0;

       // trouver la prochaine instance du motif
       // à partir du début
       while(matcher.find(start)) {
         start = matcher.start();
         int end = matcher.end();
         int result = (start % 3) + 1;
         if(result == frame || frame == 0){

           // imprimer la position de l"occurance sur la console 
           System.out.println(seq.getName() + " : " +
                              "[" + (start + 1) + "," + (end) + "]");
           count++;
         }
         start++;
       }
     }
     // fermer le fichier
     input.close(); 
     System.out.println("Total Hits = " + count);
   }
   catch(BioException e){
     System.out.println(inputFile + " is not a " + type + " file.");
     System.out.println(e);
   }
 }

 public static void main(String[] args)throws Exception{
   if (args.length < 4) {
     System.err.println(" Usage: java -jar MotifLister.jar type fastaFile motif frame" +
                        "\n Ex: java -jar MotifLister.jar dna eColi.fasta AAAAAAG 3 > output.txt" +
                        "\n would search for A AAA AAG in the third frame in dna file eColi.fasta" +
                        "\n and print the results to file output.txt." +
                        "\n "type" can be dna, rna, or protein." +
                        "\n "frame" can be integers 0 through 3." +
                        "\n 0 counts any instance of the motif." +
                        "\n 1, 2, 3 counts only instances of the motif in the specified frame." +
                        "\n Capture output with redirection operator \">\".");
   }else{
     MotifLister ML = new MotifLister(args[0], args[1], args[2], args[3]);
   }
 }

} ```