BioJava:CookbookPortuguese:Alphabets
Como eu pego um Alfabeto de DNA, RNA ou Proteina?
No BioJava uma coleção de Symbol nada mais é do que um objeto Alphabet. Os alfabetos comuns na biologia (DNA, RNA, protein, etc) são registrados com o uso da classe AlphabetManager do BioJava na inicialização e podem ser acessados utilizando o seu nome. Os alfabetos DNA, RNA e Proteina também podem ser acessados utilizando métodos estáticos das Classes DNATools, RNATools e respectivamente ProteinTools.
Ambas abordagens são apresentadas no exemplo abaixo:
```java import org.biojava.bio.symbol.*; import java.util.*; import org.biojava.bio.seq.*;
public class AlphabetExample {
public static void main(String[] args) {
Alphabet dna, rna, prot;
//pega o alfabeto do DNA pelo nome
dna = AlphabetManager.alphabetForName("DNA");
//pega o alfabeto do RNA pelo nome
rna = AlphabetManager.alphabetForName("RNA");
//pega o alfabeto da Proteina pelo nome
prot = AlphabetManager.alphabetForName("PROTEIN");
//pega o alfabeto da proteina que inclui o terminador *
prot = AlphabetManager.alphabetForName("PROTEIN-TERM");
//obtem os mesmos Alfabetos das Ferramentas da Classe
dna = DNATools.getDNA();
rna = RNATools.getRNA();
prot = ProteinTools.getAlphabet();
//ou com um único simbolo *
prot = ProteinTools.getTAlphabet();
}
} ```