BioJava:CookbookPortuguese:Alphabets

Como eu pego um Alfabeto de DNA, RNA ou Proteina?

No BioJava uma coleção de Symbol nada mais é do que um objeto Alphabet. Os alfabetos comuns na biologia (DNA, RNA, protein, etc) são registrados com o uso da classe AlphabetManager do BioJava na inicialização e podem ser acessados utilizando o seu nome. Os alfabetos DNA, RNA e Proteina também podem ser acessados utilizando métodos estáticos das Classes DNATools, RNATools e respectivamente ProteinTools.

Ambas abordagens são apresentadas no exemplo abaixo:

```java import org.biojava.bio.symbol.*; import java.util.*; import org.biojava.bio.seq.*;

public class AlphabetExample {

 public static void main(String[] args) {
   Alphabet dna, rna, prot;

   //pega o alfabeto do DNA pelo nome
   dna = AlphabetManager.alphabetForName("DNA");

   //pega o alfabeto do RNA pelo nome
   rna = AlphabetManager.alphabetForName("RNA");

   //pega o alfabeto da Proteina pelo nome
   prot = AlphabetManager.alphabetForName("PROTEIN");
   //pega o alfabeto da proteina que inclui o terminador *     
   prot = AlphabetManager.alphabetForName("PROTEIN-TERM");

   //obtem os mesmos Alfabetos das Ferramentas da Classe
   dna = DNATools.getDNA();
   rna = RNATools.getRNA();
   prot = ProteinTools.getAlphabet();
   //ou com um único simbolo *
   prot = ProteinTools.getTAlphabet();
 }

} ```