Como eu posso contar os Residuos em uma Sequence?

Contar os resíduos em uma Sequence é uma tarefa muito comum na bioinformatica. Geralmente você construiria um array de inteiros e usaria algum sistema indexador. Ou ainda, você poderia usar um AlphabetIndex para impor um índice unificado, ou obteria um indice a partir do AlphabetManager usando um de seus métodos getAlphabetIndex().

Por ser uma atividade tão comum o BioJava empacotou estes recursos em uma classe chamada IndexedCount que, nada mais é, uma implementação da interface Count.

O exemplo a seguir lê algum tipo de arquivo de sequencias e conta os resíduos, imprimindo seu resultados para STDOUT. Note que este programa não trabalha com símbolos de ambigüidade.

Solução 1

```java import java.io.*; import java.util.*;

import org.biojava.bio.dist.*; import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.seq.io.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class CountResidues {

 /**
  * Pega 3 argumentos, primeiro é o arquivo da sequencia o segundo é o
  * formato da sequencia (case insensitive) e o terceiro é a sequencia
  * do alphabet (ex DNA, também case insensitive)
  */
 public static void main(String[] args) {
   //referencia para object to manter os contadores
   Count counts = null;

   try {
     //abre o arquivo de sequencia
     BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(args[0]));

     //adquire um SequenceIterator para as sequencias no arquivo
     SequenceIterator iter =
         (SequenceIterator)SeqIOTools.fileToBiojava(args[1],args[2],br);

     //para cada sequence
     while(iter.hasNext()){
       Sequence seq = iter.nextSequence();

       //se necessário, inicializa o contador
       if(counts == null){
         counts = new IndexedCount((FiniteAlphabet)seq.getAlphabet());
       }

       //itera através dos Symbols na seq
       for (Iterator i = seq.iterator(); i.hasNext(); ) {
         AtomicSymbol sym = (AtomicSymbol)i.next();
         counts.increaseCount(sym,1.0);
       }
     }

     //agora imprime os resultados
     for (Iterator i = ((FiniteAlphabet)counts.getAlphabet()).iterator();
          i.hasNext(); ) {
       AtomicSymbol sym = (AtomicSymbol)i.next();
       System.out.println(sym.getName()+" : "+counts.getCount(sym));
     }
   }
   catch (Exception ex) {
     ex.printStackTrace();
   }
 }

} ```

Solução 2

```java import java.io.*; import java.util.*;

import org.biojava.bio.dist.*; import org.biojava.bio.seq.*; import org.biojava.bio.seq.io.*; import org.biojava.bio.symbol.*;

public class CountResidues2 {

  /**
  * Pega 3 argumentos, primeiro é o arquivo da sequencia o segundo é o
  * formato da sequencia (case insensitive) e o terceiro é a sequencia
  * do alphabet (ex DNA, também case insensitive)
  */

 public static void main(String[] args) {
   //referencia o objeto para guardar os contadores
   Count counts = null;

   try {
     //abre o arquivo de sequence
     BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(args[0]));

     //adquire um SequenceIterator para as sequencias no arquivo
     SequenceIterator iter =
         (SequenceIterator)SeqIOTools.fileToBiojava(args[1],args[2],br);

     //para cada sequence
     while(iter.hasNext()){
       Sequence seq = iter.nextSequence();

       //se necessário inicializa os contadores
       if(counts == null){
         counts = new IndexedCount((FiniteAlphabet)seq.getAlphabet());
       }

       //iterate através dos Symbols na seq
       for (Iterator i = seq.iterator(); i.hasNext(); ) {
         Symbol sym = (Symbol)i.next();

         /*
          * O Símbolo pode ser ambíguo assim soma uma conta parcial para cada Símbolo
          * isso compõe o Símbolo de ambigüidade. Ex a ambigüidade de DNA que n é feito
          * de um Alfabeto de quatro Símbolos, assim soma-se 0.25 ao count de cada um.
          */
         FiniteAlphabet subSymbols = (FiniteAlphabet)sym.getMatches();
         for (Iterator i2 = subSymbols.iterator(); i2.hasNext(); ) {
           AtomicSymbol sym2 = (AtomicSymbol)i2.next();
           counts.increaseCount(sym2, 1.0 / (double)subSymbols.size());
         }
       }
     }

     //agora imprime os resultados
     for (Iterator i = ((FiniteAlphabet)counts.getAlphabet()).iterator();
          i.hasNext(); ) {
       AtomicSymbol sym = (AtomicSymbol)i.next();
       System.out.println(sym.getName()+" : "+counts.getCount(sym));
     }
   }
   catch (Exception ex) {
     ex.printStackTrace();
   }
 }

} ```