Como eu imprimo uma sequencia no formato Fasta?

O FASTA é um formato de saída padrão para dados de bioinformatica, conveniente e fácil de ler. O BioJava possui uma classe de ferramentas chamada SeqIOTools que provê métodos estáticos para executar várias tarefas comums de entrada e saida (IO) em bioinformatica. Os trechos de código abaixo demonstram como imprimir uma Sequence ou até mesmo um ‘‘SequenceDB’ completo em formato FASTA utilizando um OutputStream em conjunto com o System.out.

Todos os métodos do tipo WriteXX do SeqIOTools possui um OutputStream como argumento. Deste modo você pode enviar os dados recém formatados para um arquivo ou outro método ou STDOUT, STDERR etc.

A classe SeqIOTools pode ser encontrada na package org.biojava.bio.seq.io.

Imprimindo uma SequenceDB

`     //cria uma instancia de SequenceDB interface`  
`     SequenceDB db = new HashSequenceDB();`

`     //adiciona as sequencias para o DB`  
`     db.addSequence(seq1);`  
`     db.addSequence(seq2);`

`     /*`  
`      * agora imprime para um output stream no formato FASTA usando um método estatico`  
`      * da classe de utilitário SeqIOTools. Neste caso nosso output stream é`  
`      * STDOUT`  
`      */`  
`     SeqIOTools.writeFasta(System.out, db);`

Imprimindo de uma SequenceIterator

Muitos métodos do tipo readXXX() da classe SeqIOTools retornam um objeto do tipo SequenceIterator que itera sobre todas as Sequences de um arquivo. A maioria dos métodos writeXXX() da SeqIOTools tem uma versão dos métodos que recebem um SequenceIterator como argumento. ex:

`     SequenceIterator iter =`  
`         (SequenceIterator)SeqIOTools.fileToBiojava(fileType, br);`

`     // e agora escreve tudo para FASTA, (você pode escrever em `  
`     // qualquer OutputStream, não apenas System.out)`

`     SeqIOTools.writeFasta(System.out, iter);`

Imprimindo uma única Sequence

`     /*`  
`      * SeqIOTools também possui um método que recebe uma única sequencia `  
`      * assim você não tem que fazer um SequenceDB`  
`      */`  
`     SeqIOTools.writeFasta(System.out, seq1);`