BioJava:CookbookPortuguese:Translation
Como eu traduzo um SymbolList ou Sequence?
Para traduzir uma sequencia de DNA você precisa fazer o seguinte
- Transcrever para RNA.
- Adquirir uma (codon) usando SymbolList.
- Traduzir para proteína.
Quase tudo isto pode ser alcançado utilizando métodos estáticos de classes especiais do BioJava (Classes Tools). O bloco de código a seguir demonstra o procedimento este procedimento, obviamente se você já tem uma sequência de RNA não há necessidade de transcreve-la.
'’NOTA: se você tentar e criar uma ‘triplet view’ em uma SymbolList ou Sequence e o seu comprimento não seja divisível por três, será disparada uma IllegalArgumentException.
```java import org.biojava.bio.symbol.*; import org.biojava.bio.seq.*;
public class Translate {
public static void main(String[] args) {
try {
//cria uma DNA SymbolList
SymbolList symL = DNATools.createDNA("atggccattgaatga");
//transcreve para RNA (após biojava 1.4 este método está obsoleto)
symL = RNATools.transcribe(symL);
//transcreve para RNA (utilize este método após biojava 1.4)
symL = DNATools.toRNA(symL);
//transcreve para proteina
symL = RNATools.translate(symL);
//mostra que funcionou
System.out.println(symL.seqString());
}catch (IllegalAlphabetException ex) {
/*
* isto acontecerá se você tentar transcrever uma não sequencia de DNA ou traduzir
* uma sucessão que não é uma triplet view em uma sequencia de RNA.
*/
ex.printStackTrace();
}catch (IllegalSymbolException ex) {
// this will happen if non IUB characters are used to create the DNA SymbolList
ex.printStackTrace();
}
}
} ```