BioJava:CookbookPortuguese:Translation

Como eu traduzo um SymbolList ou Sequence?

Para traduzir uma sequencia de DNA você precisa fazer o seguinte

Quase tudo isto pode ser alcançado utilizando métodos estáticos de classes especiais do BioJava (Classes Tools). O bloco de código a seguir demonstra o procedimento este procedimento, obviamente se você já tem uma sequência de RNA não há necessidade de transcreve-la.

'’NOTA: se você tentar e criar uma ‘triplet view’ em uma SymbolList ou Sequence e o seu comprimento não seja divisível por três, será disparada uma IllegalArgumentException.

```java import org.biojava.bio.symbol.*; import org.biojava.bio.seq.*;

public class Translate {

 public static void main(String[] args) {
   try {
     //cria uma DNA SymbolList
     SymbolList symL = DNATools.createDNA("atggccattgaatga");

     //transcreve para RNA (após biojava 1.4 este método está obsoleto)
     symL = RNATools.transcribe(symL);

     //transcreve para RNA (utilize este método após biojava 1.4)
     symL = DNATools.toRNA(symL);
     
     //transcreve para proteina
     symL = RNATools.translate(symL);

     //mostra que funcionou
          System.out.println(symL.seqString());
    }catch (IllegalAlphabetException ex) {
     
    
     /* 
      * isto acontecerá se você tentar transcrever uma não sequencia de DNA ou traduzir
      * uma sucessão que não é uma triplet view em uma sequencia de RNA.
      */
      ex.printStackTrace();
    }catch (IllegalSymbolException ex) {
     // this will happen if non IUB characters are used to create the DNA SymbolList
      ex.printStackTrace();
    }
  }

} ```