Notes

•          Bond records are ignored in the loaders.  Bonds are determined either through
         a dictionary lookup, or via calculation if the lookup fails.
       
•          Currently the lookup files described here are generated by an external process and are incorporated
         directly within the 'Structure Models' jar as a resource.  This means that they can only be updated
         if the 'Structure Models' jar is updated.
       
•          A preferable approach would be to put them in their own jar, that can be updated independently
         of the model jar (or any functional jars.)
       
•          See the RCSB Excluded project, CL Tools directory for more information.

Relevent Classes

• Bond - definition class
• BondFactory - Creates the bonds (static)
• ChemicalComponentBonds - does lookup for bonds
• NucleicAcidInfo - does lookup for nucleic acids
• Octree - for calculating bonds
• OctreeAtomItem - for Octree
• OctreeDataItem - for Octree

Explanation

     MBT maintains a dictionary of known structures. This comes from a combined .cif file that is found at this ftp
     site:
   

       ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers/components.cif.gz

   

     This file is loaded and broken apart by an external process - see the RCSB Excluded 
     project, package
     tools package.
   

     ChemicalComponentBondsCreator is run from the commandline against the file. It's not a full parser - it just
     extracts bond information. The output of that (ChemicalComponentBonds.dat') is copied into the
     RCSB MBT Libs
     project, source directory Structure Model, in the package
     util as a resource.
   

     At runtime, this abbreviated file is picked up and put into a hash-table. Atoms are checked against this for bond
     information.
   

     If bonds are not found for a given residue, the atoms are run through a bond-generation algorithm that determines
     bonds by distance. Atoms are arranged in an octree, first, for quick spatial checks.
   

     Look in the 'RCSB MBT Libs' project, source directory 'Structure Model', in the package
     model for
     the StructureMap class, again. In there, find generateBonds().
     Note it checks a flag to ignore the dictionary
     lookup and strictly use the distance algorithm (suspect this is for debugging, mainly). The
     BondFactory class is what does the dictionary lookup or bond calculations, depending on
     what's required.
   

     Incidentally, the same kind of mechanism is used to determined nucleic acid classification. In the 
     RCSB Excluded project, source directory CL Tools',
     the FindAllNucleicAcidCompoundNames is also
     run from the commandline and generates an output file ('NucleicAcidCompoundNames.dat').