BioJava in Anger - um livro de receitas para aqueles que tem pressa

BioJava pode ser grande e intimidador. Este documento foi montado para aqueles que, como nós, tem pressa em obter resultados e ir direto ao ponto, com a finalidade de auxilia-los no desenvolvimento de programas utilizando Biojava. Cerca de 99% das tarefas comuns no uso do Biojava estão descritas aqui, de forma que não se faz necessário decorar 99% de sua API.

A página foi inspirada em vários outros livros de receitas e segue a linha “Como eu faço…?”. Cada “Como eu faço?” esta linkado a alguns codigos de exemplo que faz o que voce precisa e algumas vezes mais do que espera. Basicamente se voce encontrar o código voce pode copiá-lo e colá-lo em seu programa e ele irá executar normalmente. Eu esforcei-me ao máximo para manter o código o mais óbvio possível.

Biojava in Anger é mantido por Mark Schreiber. Se voce tem qualquer sugestão, dúvidas ou comentários contate a lista do biojava. Para se inscrever na lista clique aqui

Esta tradução para o Portugues (Brasil) é mantida por Dickson S. Guedes, porém não está completa em relação ao documento original, isto não impede que seja alimentada com maiores informações pois, por se tratar de um sistema Wiki, correções podem ser feitas desde que estejam de acordo com o documento original neste link.

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Você encontra também a versão em Francês do ‘Biojava in Anger’ (traduzido por Sylvain Foisy).

Você também pode ler uma versão em Japonês (traduzida por Takeshi Sasayama and Kentaro Sugino, atualizada em 14 Ago 2004).

Ou ainda em Chinês? (traduzido por Wu Xin).

Apresentações

Está é uma apresentação no PowerPoint para API do BioJava API 1.4 (uma versão traduzida está sendo providenciada)

Publicações

Busque informações no Google Scholar sobre publicações a respeito do BioJava.

Como eu faço para….?

Instalação

• Onde eu encontro a instalação do Java? (esta página está exclusivamente em Ingles)
• Como obter a instalação do BioJava? (esta página está exclusivamente em Ingles)

Alfabetos e Simbolos

• Como obter o Alfabeto de DNA, RNA ou Proteina?
• Como crio alfabetos customizados a partir de simbolos customizados?
• Como crio um CrossProductAlphabet, por exemplo, um alfabeto de codons?

Manipulação básica de sequencia

• Como eu crio uma Sequence a partir de uma String ou como eu crio uma String a partir de um objeto Sequence?

Tradução e transcrição

• Como eu faco para transcrever DNA em RNA e este em Proteina?

Proteoma

• Como eu calculo a massa e o pI de um peptideo?

Sequencia de E/S

• Como eu escrevo Sequencias no formato Fasta?

BLAST e FASTA

• Como eu configuro um parser BLAST?

Contabilizações e Distribuições

• Como eu posso contar os residuos em uma Sequence?
• Como posso calcular a frequencia de um simbolo em uma Sequence?

Estrutura da Proteina

• Como eu posso ler um arquivo PDB?
• Como eu posso mutar um residuo?

Disclaimer

Os códigos aqui contidos foram gentilmente cedidos por pessoas que provavelmente tem outras coisas a fazer. Quando possível nós testamos, mas alguns erros podem acontecer. Em tempo, todos os códigos e conselhos aqui existentes não possuem nenhuma garantia. Você não paga pelo seu uso e nós não somos responsáveis caso algo dê errado. Seja um bom programador e teste você mesmo antes de colocar algum código em produção.

Copyright

A documentação contida neste site é de propriedade das pessoas que contribuiram com ele. Se você deseja utilizá-lo em alguma publicação, por favor envie um email para lista de email do biojava.

O código é open-source. Uma boa definição para “Open-Source” pode ser encontrada aqui. Se você está de acordo com esta definição você pode utilizar os códigos aqui existentes.