BioJava:CookBookItaliano

BioJava In Anger-Un tutorial e una raccolta di esempi per coloro che hanno “fretta”

Apparentemente il progetto BioJava può sembrare enorme e difficile da comprendere. Per tutti coloro che necessitano di usare subito gli strumenti forniti da Biojava, possono trovare tutto ciò di cui hanno bisogno per iniziare… e anche qualcosa di più. Questo documento è stato creato per favorire lo sviluppo di software con i programmi forniti dal FrameWork BioJava; i quali eseguono il 99% dei task più comuni senza l’obbligo di conoscere e comprendere il 99% delle API di BioJava. Queste pagine nascono da vari cookbooks relativi ad altri linguaggi di programmazione e seguono un approccio del tipo: “Come posso….?”. Ogni domanda è collegata a delle parti di codice che fanno ciò di cui uno ha bisogno e anche qualcosa di più. In pratica basta trovare il codice desiderato, copiarlo, incollarlo all’interno del proprio programma e quindi ottenere poi i risultati desiderati in breve tempo. Oltre che documentazione mi sono sforzato di rendere chiaro il codice e tanto da farlo sembrare ovvio e in alcuni casi quasi superfluo. Per suggerimenti, domande o commeti scrivere a biojava mailing list. Per Iscriversi alla mailing seguire questo link qui

Nel caso si riutilizzi il code di questo cookbook perfavore si citi:

Avvisi

E’ possibile leggere BioJava in Anger in Francese (Tradotto da Sylvain Foisy; ultimo aggiornamento : 9 Luglio 2009).

E’ possibile leggere BioJava in Anger in Portoghese (Tradotto da Dickson Guedes)

E’ possibile leggere BioJava in Anger in Giapponese (Tradotto da Takeshi Sasayama e Kentaro Sugino, ultimo aggiornamento 14 Aug 2004).

E’ possibile leggere BioJava in Anger in Cinese (Tradotto da Xin).

E’ possibile leggere BioJava in Anger in Italiano (Tradotto da Alessandro Cipriani; ultimo aggiornamento: 09 Maggio 2010).

Come posso….?

Per Iniziare

Alfabeti e Simboli

Manipolazioni Elementari di Sequenze

Traduzioni

Proteomica

Sequenze I/O

Annotazioni

Locations and Features

BLAST and FASTA

Counts and Distributions

Matrici Pesate e Programmazione Dinamica

User Interfaces

BioSQL and Sequence Databases

External Applications and Services

Genetic Algorithms

Protein Structure

Ontologies