BioJava:CookBookItaliano
BioJava In Anger-Un tutorial e una raccolta di esempi per coloro che hanno “fretta”
Apparentemente il progetto BioJava può sembrare enorme e difficile da comprendere. Per tutti coloro che necessitano di usare subito gli strumenti forniti da Biojava, possono trovare tutto ciò di cui hanno bisogno per iniziare… e anche qualcosa di più. Questo documento è stato creato per favorire lo sviluppo di software con i programmi forniti dal FrameWork BioJava; i quali eseguono il 99% dei task più comuni senza l’obbligo di conoscere e comprendere il 99% delle API di BioJava. Queste pagine nascono da vari cookbooks relativi ad altri linguaggi di programmazione e seguono un approccio del tipo: “Come posso….?”. Ogni domanda è collegata a delle parti di codice che fanno ciò di cui uno ha bisogno e anche qualcosa di più. In pratica basta trovare il codice desiderato, copiarlo, incollarlo all’interno del proprio programma e quindi ottenere poi i risultati desiderati in breve tempo. Oltre che documentazione mi sono sforzato di rendere chiaro il codice e tanto da farlo sembrare ovvio e in alcuni casi quasi superfluo. Per suggerimenti, domande o commeti scrivere a biojava mailing list. Per Iscriversi alla mailing seguire questo link qui
Nel caso si riutilizzi il code di questo cookbook perfavore si citi:
Avvisi
E’ possibile leggere BioJava in Anger in Francese (Tradotto da Sylvain Foisy; ultimo aggiornamento : 9 Luglio 2009).
E’ possibile leggere BioJava in Anger in Portoghese (Tradotto da Dickson Guedes)
E’ possibile leggere BioJava in Anger in Giapponese (Tradotto da Takeshi Sasayama e Kentaro Sugino, ultimo aggiornamento 14 Aug 2004).
E’ possibile leggere BioJava in Anger in Cinese (Tradotto da Xin).
E’ possibile leggere BioJava in Anger in Italiano (Tradotto da Alessandro Cipriani; ultimo aggiornamento: 09 Maggio 2010).
Come posso….?
Per Iniziare
Alfabeti e Simboli
- Come posso ottenere l’alfabeto del DNA, dell’RNA o Proteico?
- Come posso creare un Alfabeto personalizzato con Simboli personalizzati?
- Come posso creare un CrossProductAlphabet? (ad esempio un alfabeto di codoni)?
- Come posso dividere i Simboli di un CrossProductAlphabets i maniera tale da recuperare i Simboli che li compongo?
- Come posso stabilire l’identità fra Simboli e Alfabeti?
- Come posso costruire simboli ambigui come Y o R?
Manipolazioni Elementari di Sequenze
- Come posso creare un oggetto Stringa a partire da una Sequenza e viceversa creare un oggetto Sequenza a partire da una Stringa?
- Come posso ottenere una parte di una Sequenza?
- Come posso trascrivere una Sequenze di DNA in una Sequenza di RNA?
- Come posso fare il complemento inverso di una sequenza o di una SymbolList?
- Come posso cambiare il nome ad una Sequenza visto che è immutabile?
- Come posso modificare una Sequence o una SymbolList?
- Come posso trasformare un motivo di interesse biologico in una espressione regolare?
- Come posso estrarre tutte le regioni che rappresentano caratteristiche speciali (ad esempio ‘geni’ or ‘sequenze codificanti’)?
Traduzioni
- Come posso tradurre una Sequence o una SymbolList di DNA o RNA in una Proteina?
- Come posso tradurre un singolo codone in un singolo aminoacido?
- Come posso utilizzare una tavola di traduzione non standard?
- Come posso tradure una sequenza di nucleotidi secondo tutti i sei frame?
- Come è possibile ottenere una traduzione con codice a una lettera di una sequenza che contiene ambiguità?
Proteomica
- Come posso calcolare la massa e il pI di un aminoacido?
- Come posso analizzare le proprietà dei vari simboli di una sequenza peptidica utilizzano Amino Acid Index DataBase?
Sequenze I/O
- Come posso scrivere le sequeze in formato FASTA?
- Come posso leggere un file in formato FASTA?
- Come posso leggere un file in formato GenBank/EMBL/UniProt/FASTA/INSDseq?
- Come posso leggere una sequenza GenBank/EMBL/UniProt/FASTA/INSDseq e convertirla nel formato FASTA?
- How do I turn an ABI sequence trace into a BioJava Sequence?
- How does sequence I/O work in BioJava?
Annotazioni
- Come posso elencare le Annotazioni di una Sequenza?
- Come posso estrarre le Annotazioni per un insieme di Features?
- Come posso filtrare le sequenze in base alle specie o secondo altre proprietà?
Locations and Features
- How do I specify a PointLocation?
- How do I specify a RangeLocation?
- How do CircularLocations work?
- How can I make a Feature?
- How can I filter Features by type?
- How can I remove features?
BLAST and FASTA
- How do I set up a BLAST parser?
- How do I set up a FASTA parser?
- How do I extract information from parsed results?
- How do I parse a large file; Or, How do I make a custom SearchContentHandler?
- How do I convert an XML BLAST result into HTML page?
Counts and Distributions
- How do I count the residues in a Sequence?
- How do I calculate the frequency of a Symbol in a Sequence?
- How can I turn a Count into a Distribution?
- How can I generate a random sequence from a Distribution?
- How can I find the amount of information or entropy in a Distribution?
- What is an easy way to tell if two Distributions have equal weights?
- How can I make an OrderNDistribution over a custom Alphabet?
- How can I write a Distribution as XML?
- Using Distributions to make a Gibbs sampler
- Using Distributions to make a naive Bayes classifier
- How do I calculate the composition of a Sequence or collection of Sequences? This example uses JDK 1.5 and BioJavaX
Matrici Pesate e Programmazione Dinamica
- Come posso utilizzare una matrice di pesi per cercare un motivo?
- How do I make a HMMER like profile HMM?
- |How do I set up a custom HMM? (Link to Tutorial?? –Guedes 11:43, 8 February 2006 (EST) )
- How do I generate a pair-wise alignment with a Hidden Markov Model?
- Come posso generare un allineamento globale o locale, rispettivamente, con gli algoritmi di Needleman-Wunsch o di Smith-Waterman?
User Interfaces
- How can I visualize Annotations and Features as a tree?
- How can I display a Sequence in a GUI?
- How can I create a RichSequence viewer?
- How do I display Sequence coordinates?
- How can I display features?
- How can I display Protein Features / a Peptide Digest?
BioSQL and Sequence Databases
- How do I set up BioSQL with PostgreSQL? (by David Huen)
- How do I set up BioSQL with Oracle? (by Richard Holland)
- How do I add, view and remove Sequence Objects from a BioSQL DB?
- How can I get a sequence straight from NCBI?
External Applications and Services
Genetic Algorithms
Protein Structure
- How can I read a PDB file?
- How can I read a .mmcif file?
- How can I access the atoms in a structure?
- How can I do calculations on atoms?
- How to work with Groups (AminoAcid, Nucleotide, Hetatom)?
- How can I access the header information of a PDB file?
- How does BioJava deal with SEQRES and ATOM groups?
- How can I mutate a residue?
- How can I calculate a structure alignment?
- How can I use a simple GUI to calculate an alignment?
- How can I interact with Jmol?
- How can I serialize to a database?